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Pages : 1

#1 Le 04/08/2024, à 12:46

Peach

[Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Bonjour à tous,

Je suis absolument novice en Linux et j'essaye d'installer les logiciels qui me permettront de travailler sur mon sujet de thèse.
Quand je dis novice c'est que j'avais vraiment jamais mis les pieds dans Linux avant y'a 15 jours.

J'ai installé Ubuntu 20.04 sur ma machine, essayé d'installer quelques logiciels mais je pense que j'en ai mis partout en surtout n'importe où (biberonnée à Windows depuis toujours).

Je voudrais installer Biopython :

lc@lc-Latitude-E7440:~$ pip3 install biopython
Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=3, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=1, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/biopython/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/biopython/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement biopython (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for biopython
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/pip/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/pip/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
lc@lc-Latitude-E7440:~$ sudo apt-get install biopython
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
E: Impossible de trouver le paquet biopython

J'ai lu des trucs à droite à gauche, y compris ici dans la recherche, le forum, mais je pense que je fais n'importe quoi.

Est-ce que quelqu'un pourrait m'aider à comprendre comment installer ces logiciels ?

merci

Dernière modification par Peach (Le 04/08/2024, à 18:15)

Hors ligne

#2 Le 04/08/2024, à 12:59

xubu1957

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Bonjour,

Fournis les retours de :

sudo apt update

et d'éventuels paquets cassés :

dpkg -l | grep -v ^ii

en te servant du Retour utilisable de commande.

Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Réso|u] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci.                   Membre de Linux-Azur

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#3 Le 04/08/2024, à 13:09

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Merci pour ta réponse.

Pour le sudo apt update :

lc@lc-Latitude-E7440:~$ sudo apt update
Atteint :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
Atteint :2 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease
Atteint :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease       
Atteint :4 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease          
Lecture des listes de paquets... Fait                      
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Tous les paquets sont à jour.
lc@lc-Latitude-E7440:~$

Pour le dpkg -l | grep -v ^ii :

lc@lc-Latitude-E7440:~$ dpkg -l | grep -v ^ii
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom                                        Version                               Architecture Description
+++-==========================================-=====================================-============-======================================================================================================
lc@lc-Latitude-E7440:~$

Hors ligne

#4 Le 04/08/2024, à 13:15

xubu1957

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Essaye ces commandes :

sudo apt install python3-pip
pip3 install biopython

piochées dans laurentbloch.net/MySpip3/Python-et-Biopython

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#5 Le 04/08/2024, à 13:18

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

lc@lc-Latitude-E7440:~$ sudo apt install python3-pip
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
python3-pip est déjà la version la plus récente (20.0.2-5ubuntu1.10).
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  chromium-codecs-ffmpeg-extra gstreamer1.0-vaapi
  libgstreamer-plugins-bad1.0-0 libva-wayland2
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
lc@lc-Latitude-E7440:~$ 
lc@lc-Latitude-E7440:~$ pip3 install biopython
Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=3, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=1, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/biopython/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/biopython/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement biopython (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for biopython
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/pip/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/pip/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
lc@lc-Latitude-E7440:~$

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#6 Le 04/08/2024, à 13:22

xubu1957

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

N'étant pas connaisseur de python, je vais laisser répondre des aidants experts.

Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
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#7 Le 04/08/2024, à 13:23

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Merci pour ton temps en tout cas.

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#8 Le 04/08/2024, à 13:36

nany

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Bonjour,



Peach a écrit :
lc@lc-Latitude-E7440:~$ pip3 install biopython
Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=3, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=1, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")': /simple/biopython/
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/biopython/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/biopython/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement biopython (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for biopython
WARNING: pip is configured with locations that require TLS/SSL, however the ssl module in Python is not available.
Could not fetch URL https://pypi.org/simple/pip/: There was a problem confirming the ssl certificate: HTTPSConnectionPool(host='pypi.org', port=443): Max retries exceeded with url: /simple/pip/ (Caused by SSLError("Can't connect to HTTPS URL because the SSL module is not available.")) - skipping

Je ne comprends pas pourquoi tu as une erreur de certificat SSL car ça passe chez moi.



Sinon,

Peach a écrit :
lc@lc-Latitude-E7440:~$ sudo apt-get install biopython
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
E: Impossible de trouver le paquet biopython

En faisant une recherche :

nany@Ubuntu-20-04-VirtualBox:~$ apt search biopython
En train de trier... Fait
Recherche en texte intégral... Fait
python-biopython-doc/focal,focal 1.76+dfsg-1 all
  documentation pour la bibliothèque Biopython

python3-biopython/focal 1.76+dfsg-1 amd64
  Python3 library for bioinformatics

python3-biopython-sql/focal,focal 1.76+dfsg-1 all
  prise en charge par Biopython de la base de données BioSQL –⋅Python⋅3

seqmagick/focal,focal 0.8.0-1 all
  imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

nany@Ubuntu-20-04-VirtualBox:~$ apt show python3-biopython
Package: python3-biopython
Version: 1.76+dfsg-1
Priority: optional
Section: universe/python
Source: python-biopython
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
Original-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 10,0 MB
Depends: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1), python3-numpy-abi9, python3 (<< 3.9), python3 (>= 3.7~), python3:any, libc6 (>= 2.14), python3-reportlab
Recommends: python-biopython-doc (= 1.76+dfsg-1), ncbi-blast+
Suggests: python3-tk, bwa, clustalo, clustalw, dialign, dssp, emboss, fasttree, mafft, muscle, phylip, phyml, prank, probcons, python3-mysqldb, python3-matplotlib, python3-pil, python3-rdflib, python3-renderpm, python3-psycopg2, python3-scipy, raxml, samtools, t-coffee, wise, w3-dtd-mathml
Homepage: http://biopython.org
Download-Size: 1416 kB
APT-Sources: http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
Description: Python3 library for bioinformatics
 Le projet Biopython est une association internationale de programmeurs
 d'outils libres en Python pour la bio-informatique.
 .
 It is a distributed collaborative effort to develop Python3 libraries and
 applications which address the needs of current and future work in
 bioinformatics. The source code is made available under the Biopython
 License, which is extremely liberal and compatible with almost every
 license in the world. The project works along with the Open Bioinformatics
 Foundation, who generously provide web and CVS space for the project.

nany@Ubuntu-20-04-VirtualBox:~$

 

Il faudrait donc exécuter :

sudo apt install python3-biopython

Et Numpy sera installé comme dépendance.




Pour CusProSe, l’installation est plus complexe.

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/fY9NbB8yqFA
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

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#9 Le 04/08/2024, à 13:56

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Bonjour nany

lc@lc-Latitude-E7440:~$ sudo apt install python3-biopython
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
python3-biopython est déjà la version la plus récente (1.76+dfsg-1).
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  chromium-codecs-ffmpeg-extra gstreamer1.0-vaapi libgstreamer-plugins-bad1.0-0 libva-wayland2
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
lc@lc-Latitude-E7440:~$

J'ai l'impression que c'est déjà installé. Quelle est la commande correcte pour vérifier la version d'un logiciel ?

je fais

lc@lc-Latitude-E7440:~$ biopython --version
biopython : commande introuvable
lc@lc-Latitude-E7440:~$ python3 --version
Python 3.12.4

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#10 Le 04/08/2024, à 14:05

nany

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Peach a écrit :

Quelle est la commande correcte pour vérifier la version d'un logiciel ?

apt list nom_du_paquet

ou

apt policy nom_du_paquet

ou

dpkg -l nom_du_paquet

Donc, par exemple :

apt policy python3-biopython

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/fY9NbB8yqFA
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

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#11 Le 04/08/2024, à 17:11

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

merci

donc c'est installé là ?

lc@lc-Latitude-E7440:~$ apt policy python3-biopython
python3-biopython:
  Installé : 1.76+dfsg-1
  Candidat : 1.76+dfsg-1
 Table de version :
 *** 1.76+dfsg-1 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
lc@lc-Latitude-E7440:~$
lc@lc-Latitude-E7440:~$ dpkg -l  python3-biopython
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom               Version      Architecture Description
+++-=================-============-============-==================================
ii  python3-biopython 1.76+dfsg-1  amd64        Python3 library for bioinformatics
lc@lc-Latitude-E7440:~$

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#12 Le 04/08/2024, à 17:55

nany

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

Peach a écrit :

donc c'est installé là ?

Oui. Et le paquet python3-numpy doit l’être aussi.

Le mot de passe sudo ne s'affiche pas - Comment bien utiliser les balises BBcode
Retour aux sources.
Urtikan.net - https://youtu.be/fY9NbB8yqFA
LIBRARIES ARE NOT BOOK-STORES!

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#13 Le 04/08/2024, à 18:14

Peach

Re : [Résolu] installation Biopython Numpy CusProSe

merci !!!
je buggais un peu parce que je n'arrivais pas à utiliser biopython et numpy dans PyCharm malgré l'installation.
En fait, je n'avais pas ajouté les paquets à l'interpréteur.
Tout fonctionne, merci. (Pour CusProSe j'ouvrirai un autre post si besoin.)

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