installation R manuellement

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 13:40

Bonjour, J'ai besoin d'installer une version plus ancienne de R pour des problèmes de dépendance de package et je m'arrache les cheveux.

Je télécharge une version R .tar.gz, et je suis les indications.

Vient le moment de faire ./configure

et la j'ai un problème avec "configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https"

J'ai testé des trucs du genre : "sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev" ...sans succès.

Pourriez-vous m'aider s'il vous plaît ?

Merci d'avance

Vobul · Le 08/07/2024, à 14:15

Au lieu de casser ton système en tentant d'installer de vieilles librairies, regarde plutôt Docker ou Singularity, qui est plus orienté sciences : https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user- … #use-cases

En plus t'as rien à faire, vu que les anciennes versions sont disponibles, par exemple : docker pull rocker/rstudio:4.0.2

Donc c'est très facile d'avoir sur ton système n'importe quelle version. Après t'as aussi des projets comme https://github.com/rstudio/renv.

Mais donc en gros, ne cherche pas à compiler depuis les sources, mais apprends plutôt à maîtriser les outils de containerisation, reproductibilité, ce qui te sera très utile par la suite !

iznobe · Le 08/07/2024, à 14:20

Bonjour , ca dis quoi :

lsb_release -a

apt policy libcurl4

?

Dernière modification par iznobe (Le 08/07/2024, à 14:20)

xubu1957 · Le 08/07/2024, à 14:49

Bonjour,

Fournis les retours de :

sudo apt update

et d'éventuels paquets cassés :

dpkg -l | grep -v ^ii

en te servant du Retour utilisable de commande.

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 22:08

iznobe a écrit :

Bonjour , ca dis quoi :
lsb_release -a
apt policy libcurl4
?

(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 22.04.4 LTS
Release: 22.04
Codename: jammy
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ apt policy libcurl14
N: Impossible de trouver le paquet libcurl14
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$

xubu1957 · Le 08/07/2024, à 22:11

demande :

apt policy libcurl4

apt policy libcurl14

visible 14 au lieu de 4.

cqfd93 a écrit :

Astuce pour copier / coller sans erreur :
triple clic gauche pour sélectionner et copier une ligne entière
clic molette pour coller dans le terminal

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 22:22

xubu1957 a écrit :

Bonjour,
Fournis les retours de :
sudo apt update
et d'éventuels paquets cassés :
dpkg -l | grep -v ^ii
en te servant du Retour utilisable de commande.

Réception de :1 file:/var/cuda-repo-ubuntu2004-12-3-local  InRelease [1572 B]
Réception de :2 file:/var/cuda-repo-ubuntu2204-12-3-local  InRelease [1572 B]
Réception de :1 file:/var/cuda-repo-ubuntu2004-12-3-local  InRelease [1572 B]
Réception de :2 file:/var/cuda-repo-ubuntu2204-12-3-local  InRelease [1572 B]
Atteint :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy InRelease                
Atteint :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates InRelease        
Atteint :5 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-backports InRelease      
Atteint :6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/ InRelease
Atteint :7 https://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease            
Atteint :8 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-proposed InRelease        
Atteint :9 https://packages.microsoft.com/repos/code stable InRelease          
Atteint :10 https://ppa.launchpadcontent.net/c2d4u.team/c2d4u4.0+/ubuntu jammy InRelease
Atteint :11 http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security InRelease        
Atteint :12 http://oem.archive.canonical.com jammy InRelease                
Atteint :13 http://dell.archive.canonical.com jammy InRelease
Atteint :14 https://cran.wustl.edu/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease
Lecture des listes de paquets... Fait                                          
Construction de l'arbre des dépendances... Fait
Lecture des informations d'état... Fait      
4 paquets peuvent être mis à jour. Exécutez « apt list --upgradable » pour les voir.
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ sudo ^[[200~apt list --upgradable~
sudo: apt : commande introuvable
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ sudo apt list --upgradable~
E: L'option --upgradable~ de la ligne de commande n'est pas reconnue quand elle est utilisée avec d'autres options.
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ sudo apt list --upgradable
En train de lister... Fait
r-base-dev/jammy-cran40 4.4.1-1.2204.0 all [pouvant être mis à jour depuis : 4.1.2-1ubuntu2]
ubuntu-advantage-tools/jammy-proposed,jammy-proposed 33~22.04 all [pouvant être mis à jour depuis : 32.3.1~22.04]
ubuntu-pro-client-l10n/jammy-proposed 33~22.04 amd64 [pouvant être mis à jour depuis : 32.3.1~22.04]
ubuntu-pro-client/jammy-proposed 33~22.04 amd64 [pouvant être mis à jour depuis : 32.3.1~22.04]
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 22:27

xubu1957 a écrit :

demande :
apt policy libcurl4
apt policy libcurl14
visible 14 au lieu de 4.
cqfd93 a écrit :
Astuce pour copier / coller sans erreur :
triple clic gauche pour sélectionner et copier une ligne entière
clic molette pour coller dans le terminal

A oui pardon j'ai mal lu

(base) marie-felicia@mariefelicia:~$ apt policy libcurl4
libcurl4:
  Installé : 7.81.0-1ubuntu1.16
  Candidat : 7.81.0-1ubuntu1.16
 Table de version :
 *** 7.81.0-1ubuntu1.16 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/main amd64 Packages
        500 http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security/main amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
     7.81.0-1 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy/main amd64 Packages
(base) marie-felicia@mariefelicia:~$

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 22:44

Vobul a écrit :

Au lieu de casser ton système en tentant d'installer de vieilles librairies, regarde plutôt Docker ou Singularity, qui est plus orienté sciences : https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user- … #use-cases
En plus t'as rien à faire, vu que les anciennes versions sont disponibles, par exemple : docker pull rocker/rstudio:4.0.2
Donc c'est très facile d'avoir sur ton système n'importe quelle version. Après t'as aussi des projets comme https://github.com/rstudio/renv.
Mais donc en gros, ne cherche pas à compiler depuis les sources, mais apprends plutôt à maîtriser les outils de containerisation, reproductibilité, ce qui te sera très utile par la suite !

Je pense que je vais me pencher sur renv, j'ai l'habitude d'utiliser les environnements en python et comme je ne m'y connais pas bien en R, je ne savais pas qu'il y avait la même chose. En effet, c'est ce dont j'ai besoin.
Merci

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 23:11

mariefelicia a écrit :

Vobul a écrit :
Au lieu de casser ton système en tentant d'installer de vieilles librairies, regarde plutôt Docker ou Singularity, qui est plus orienté sciences : https://docs.sylabs.io/guides/3.5/user- … #use-cases
En plus t'as rien à faire, vu que les anciennes versions sont disponibles, par exemple : docker pull rocker/rstudio:4.0.2
Donc c'est très facile d'avoir sur ton système n'importe quelle version. Après t'as aussi des projets comme https://github.com/rstudio/renv.
Mais donc en gros, ne cherche pas à compiler depuis les sources, mais apprends plutôt à maîtriser les outils de containerisation, reproductibilité, ce qui te sera très utile par la suite !

Je pense que je vais me pencher sur renv, j'ai l'habitude d'utiliser les environnements en python et comme je ne m'y connais pas bien en R, je ne savais pas qu'il y avait la même chose. En effet, c'est ce dont j'ai besoin.
Merci

Mais ça ne répond pas totalement à mon problème si j'utilise renv, puisque je vais tout de même devoir compiler une ancienne version de R, je crois comprendre.

mariefelicia · Le 08/07/2024, à 23:25

J'ai essayé une autre version de R, et là le ./configure a abouti, c'est l'étape d'après qui bloque maintenant :

make

collect2: error: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [Makefile:150 : R.bin] Erreur 1
make[3] : on quitte le répertoire « /home/marie-felicia/Téléchargements/R-4.3.3/src/main »
make[2]: *** [Makefile:142 : R] Erreur 2
make[2] : on quitte le répertoire « /home/marie-felicia/Téléchargements/R-4.3.3/src/main »
make[1]: *** [Makefile:28 : R] Erreur 1
make[1] : on quitte le répertoire « /home/marie-felicia/Téléchargements/R-4.3.3/src »
make: *** [Makefile:62 : R] Erreur 1

xubu1957 · Le 09/07/2024, à 07:32

Bonjour,

Atteint :8 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-proposed InRelease

Je te laisse lire la Doc : depots#proposed

§ 2.3 a écrit :

Proposed
Les dépôts "proposed" contiennent des paquets proposés à fins de tests seulement ! Ils servent à tester des paquets ou des mises à jour avant qu'ils n'intègrent définitivement les dépôts principaux. Ils peuvent donc être à l'origine de plantage et de corruption de système ! N'ajoutez ces dépôts que si vous savez ce que vous faites !
Ces dépôts correspondent à la case à cocher "Mises à jour en préversion (proposed)" → onglet "Mises à jour" de l'application Logiciels & Mises à jour.

Pour commencer, copie tout le bloc qui suit et colle-le en une seule fois dans le terminal (termine avec Entrée) :

sudo tee  /etc/apt/preferences.d/99-downgrade-proposed <<EOF
Package: *
Pin: release a=jammy
Pin-Priority: 1001

Package: *
Pin: release a=jammy-updates
Pin-Priority: 1001

Package: *
Pin: release a=jammy-security
Pin-Priority: 1001

Package: *
Pin: release a=jammy-backports
Pin-Priority: 1001

Package: *
Pin: release a=jammy-proposed
Pin-Priority: -1
EOF

Puis passe ces trois commandes l'une après l'autre (passe les commandes ligne à ligne en triple cliquant sur une ligne pour la sélectionner) :

sudo apt update
sudo apt full-upgrade
sudo rm /etc/apt/preferences.d/99-downgrade-proposed

repris dans une réponse de cqfd93

===========

Pour éviter d'alourdir la discussion :

Règles du forum= § Politesse a écrit :

(...)
3.. Les abus de formatage (citations plus longues que le message y répondant ; ...) sont cependant à éviter.
(...)

règles du forum

Et montre d'éventuels paquets cassés :

dpkg -l | grep -v ^ii

Dernière modification par xubu1957 (Le 09/07/2024, à 07:55)

iznobe · Le 09/07/2024, à 09:31

Bonjour , la maitrise du copier / coller ( plutot que d' essayer de recopier les commandes à la main ) , me parait plutôt essentielle et tres basique .

Si tu essaies de te lancer dans la compilation , sans maitriser les bases des commandes , ni le copier coller , ca va plutot etre compliqué pour toi , mais aussi pour ceux qui tente de t' aider .

Pour le #1 :

Vient le moment de faire ./configure
et la j'ai un problème avec "configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https"
J'ai testé des trucs du genre : "sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev" ...sans succès.

l ' installation du pquet libcurl4 devrait resoudre le soucis si c' est toujours d' actualité :

sudo apt install libcurl4

Dernière modification par iznobe (Le 09/07/2024, à 11:10)

Ubuntu-fr

Navigation

Liens de recherche

Annonce

#1 Le 08/07/2024, à 13:40

installation R manuellement

#2 Le 08/07/2024, à 14:15

Re : installation R manuellement

#3 Le 08/07/2024, à 14:20

Re : installation R manuellement

#4 Le 08/07/2024, à 14:49

Re : installation R manuellement

#5 Le 08/07/2024, à 22:08

Re : installation R manuellement

#6 Le 08/07/2024, à 22:11

Re : installation R manuellement

#7 Le 08/07/2024, à 22:22

Re : installation R manuellement

#8 Le 08/07/2024, à 22:27

Re : installation R manuellement

#9 Le 08/07/2024, à 22:44

Re : installation R manuellement

#10 Le 08/07/2024, à 23:11

Re : installation R manuellement

#11 Le 08/07/2024, à 23:25

Re : installation R manuellement

#12 Le 09/07/2024, à 07:32

Re : installation R manuellement

#13 Le 09/07/2024, à 09:31

Re : installation R manuellement

Pied de page des forums