BASH, Lister fichiers par leurs versions

judkil · Le 07/04/2020, à 16:35

Bonjour !

Est-ce que quelqu'un aurait une idée de comment trier des fichiers en fonction de leur version de fin avec un ls . J'ai essayé avec un

ls -R -t

mais cela ne fonctionne pas correctement

Input

AB-00017938-1_r264.mol2
AB-00058387-1_r271.mol2
AB-00024683-6_r265.mol2
Fr-PPIchem_05919-1_r266.mol2
Fr-PPIchem_09462-1_r263.mol2
AB-00047041-1_r267.mol2
AB-00060649-2_r268.mol2
AB-00067275-1_r269.mol2
AB-00027368-10_r270.mol2

Output

Fr-PPIchem_09462-1_r263.mol2
AB-00017938-1_r264.mol2
AB-00024683-6_r265.mol2
Fr-PPIchem_05919-1_r266.mol2
AB-00047041-1_r267.mol2
AB-00060649-2_r268.mol2
AB-00067275-1_r269.mol2
AB-00027368-10_r270.mol2
AB-00058387-1_r271.mol2

Merci beaucoup !

Dernière modification par judkil (Le 07/04/2020, à 16:37)

ar barzh paour · Le 07/04/2020, à 16:37

qu'appelles-tu "version de fin" ?
(comment le repérer s'il a des caractéristiques précises)

Dernière modification par ar barzh paour (Le 07/04/2020, à 16:38)

judkil · Le 07/04/2020, à 16:38

en fonction du

XXXXXXXXX_r***.mol2

Dans le fichier input les fichiers sont listés dans " le désordre", dans le fichier output les fichiers sont listés en regardant la fin

Dernière modification par judkil (Le 07/04/2020, à 16:42)

pingouinux · Le 07/04/2020, à 17:34

Bonjour,
Voici une suggestion en python :

$ cat tri.py
#!/usr/bin/env python3
import re, glob
fichiers=glob.glob('*.mol2')
def cle(f): k=re.search('_r(\d+)\.mol2',f); return k.groups()
fichiers.sort(key=cle)
for f in fichiers: print(f)

à appeler à partir du répertoire qui contient les fichiers :

./tri.py >output

Ajouté :
Si les nombres servant au tri n'ont pas tous le même nombre de chiffres, utiliser cette version :

#!/usr/bin/env python3
import re, glob
fichiers=glob.glob('*.mol2')
def cle(f): k=re.search('_r(\d+)\.mol2',f); return int(k.groups()[0])
fichiers.sort(key=cle)
for f in fichiers: print(f)

Dernière modification par pingouinux (Le 07/04/2020, à 20:53)

ar barzh paour · Le 08/04/2020, à 08:08

je pensais trouver uniquement avec find mais je n'y arrive pas , j'ai été obligé d'utiliser un fichier intermédiaire
à mettre dans le répertoire courant
que j'ai appelé f.sh

cat f.sh
#! /bin/bash
printf "%s %s\0"  ${1##.*_r} "${1:2}"

puis à lancer dans le répertoire où se trouvent les fichiers

2>/dev/null find . -name "*.mol2" -exec bash ./f.sh '{}' \; |sort -z -k1,1|cut -z -d ' ' -f2-|xargs -0 -I _ echo _
Fr-PPIchem_09462-1_r263.mol2
AB-00017938-1_r264.mol2
AB-00024683-6_r265.mol2
Fr-PPIchem_05919-1_r266.mol2
AB-00047041-1_r267.mol2
AB-00060649-2_r268.mol2
AB-00067275-1_r269.mol2
AB-00027368-10_r270.mol2
AB-00058387-1_r271.mol2

et en rendant le fichier f.sh exécutable simplifier un peu

2>/dev/null find . -name "*.mol2" -exec ./f.sh '{}' \; |sort -z -k1,1|cut -z -d ' ' -f2-|xargs -0 -I _ echo _

Dernière modification par ar barzh paour (Le 08/04/2020, à 08:22)

nany · Le 08/04/2020, à 09:17

Bonjour,

ls … | sort -t'-' -k3.3

?

ar barzh paour · Le 08/04/2020, à 16:01

@nanny , j'étais tout confu mais non

ls *.mol2 |sort -t'-' -k3,3
AB-00027368-10_r270.mol2
Fr-PPIchem_09462-1_r263.mol2
AB-00017938-1_r264.mol2
Fr-PPIchem_05919-1_r266.mol2
AB-00047041-1_r267.mol2
AB-00067275-1_r269.mol2
AB-00058387-1_r271.mol2
AB-00060649-2_r268.mol2
AB-00024683-6_r265.mol2

nany · Le 08/04/2020, à 16:12

Point, pas virgule.

kamaris · Le 08/04/2020, à 16:23

@ar barzh paour, #5 : pour ton script, tu peux faire

find . -name '*.mol2' -exec bash -c 'printf "%s %s\0" "${1##.*_r}" "${1:2}"' _ '{}' \; | …

Mais bon, c'est dommage, car tu romps la chaine des flux avec un traitement des arguments un par un (et utiliser la forme -exec {} + de find n'est pas évident ici).
Il vaudrait mieux passer une sortie -print0 de find à sed :

find . -name '*.mol2' -print0 | sed -zE 's/.*_r([0-9]+).*/\1 &/' | sort -z -k1n | cut -z -d' ' -f2- | xargs -0 printf '%s\n'

Dernière modification par kamaris (Le 08/04/2020, à 16:27)

ar barzh paour · Le 09/04/2020, à 07:50

kamaris a écrit :

car tu romps la chaine des flux avec un traitement des arguments un par un

oui sans doute , mais je ne maîtrise pas ces infos
ce qui me manquait en plus c'était

 sed -zE 's/.*_r([0-9]+).*/\1 &/'

je note

@nany
j'ai une mauvaise vue , en principe je fais un copier coller mais

judkil a écrit :

XXXXXXXXX_r***.mol2

@judkill
je pense tu pourrais passer sa discussion en Résolu
modifier le titre du post 1 remplacer
BASH, Lister fichiers par leurs versions
par
[Résolu] BASH, Lister fichiers par leurs versions

merci

Dernière modification par ar barzh paour (Le 09/04/2020, à 07:59)

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