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TROUDI ABIR

Les erreurs des lignes de commandes

Je suis un chercheur en neuroimagerie et je travail sur le FSL,
j'ai un probleme dans cette ligne de commande topup --imain=all_my_b0_images.nii --datain=acquisition_parameters.txt --config=b02b0.cnf --out=my_output dont j'ai un erreur dans la lecture du fichier.txt TopupFileIO:: msg=TopupDatafileReader:: error reading file acquisition_parameters.txt
pouvez vous m'aider ?

Pascaltech

Re : Les erreurs des lignes de commandes

Bonjour,

Peux-tu utiliser la mise en forme entre <> au-dessus du cadre de réponse rapide, c'est plus lisible pour nous. Merci. Par exemple :

 topup --imain=all_my_b0_images.nii --datain=acquisition_parameters.txt --config=b02b0.cnf --out=my_output

---

Emachine el1200, Xubuntu 20.04 LTS
Traductions guides serveur & grub et liens utiles Classement CG
inxi -F sudo lshw dpkg -l

Zakhar

Re : Les erreurs des lignes de commandes

S'agissant d'un programme spécifique, et non d'un utilitaire GNU connu, je suggère de s'en référer à la documentation du programme. On ne va vraiment pas pouvoir t'aider, sauf tu tombes sur ton voisin de recherche qui est sur le même outil spécifique.

---

"A computer is like air conditioning: it becomes useless when you open windows." (Linus Torvald)

Pascaltech

Re : Les erreurs des lignes de commandes

Bonjour,

Dans le guide d'utilisation ici, il est spécifié que pour le paramètre --datain, le fichier doit être sous la forme :

0 1 0 0.087
0 1 0 0.087
0 1 0 0.087
0 -1 0 0.087
0 -1 0 0.087
0 -1 0 0.087

Est-ce le cas de ton fichier ?

---

Emachine el1200, Xubuntu 20.04 LTS
Traductions guides serveur & grub et liens utiles Classement CG
inxi -F sudo lshw dpkg -l

LeoMajor

Re : Les erreurs des lignes de commandes

bonjour,

si c'est pour lire les images d'un cd/dvd scanner/irm médical,  que l'hôpital délivre, à la suite du ledit examen, il y a plus simple.

1/ convertir d'abord avec ...

NAME
       dinifti - converts DICOM files i
nto the NIfTI format

SYNOPSIS
       dinifti [options] <DICOM input> <NIfTI output>

(installer le paquet dicomnifti)

2/ ensuite directement avec untel logiciel graphique (désolé je m'en rappelle plus)
?

/usr/share/applications/fsl-5.0-core.desktop
/usr/share/applications/fslview.desktop
/usr/share/applications/vbview2.desktop

----

sudo apt/aptitude install dicomnifti fsl-5.0-core fslview voxbo

renvoie les commandes suivantes

 for pkg in  "${!pkgs[@]}"; do echo -e "\n---$pkg:${pkgs[$pkg]}\n"; dpkg -L "${pkgs[$pkg]}" | sort ; done | egrep -i '^[-]+[0-9]+|\/s?bin\/|\.desktop'

---0:dicomnifti
/usr/bin/dicomhead
/usr/bin/dinifti
---1:fsl-5.0-core
/usr/bin/fsl5.0-aff2rigid
/usr/bin/fsl5.0-AnatomicalAverage
/usr/bin/fsl5.0-applytopup
/usr/bin/fsl5.0-applywarp
/usr/bin/fsl5.0-ApplyXFM
/usr/bin/fsl5.0-applyxfm4D
/usr/bin/fsl5.0-Asl
/usr/bin/fsl5.0-asl_calib
/usr/bin/fsl5.0-asl_file
/usr/bin/fsl5.0-asl_mfree
/usr/bin/fsl5.0-asl_reg
/usr/bin/fsl5.0-autoaq
/usr/bin/fsl5.0-avscale
/usr/bin/fsl5.0-avw2fsl
/usr/bin/fsl5.0-b0calc
/usr/bin/fsl5.0-basil
/usr/bin/fsl5.0-basil_var
/usr/bin/fsl5.0-baycest
/usr/bin/fsl5.0-bedpost
/usr/bin/fsl5.0-bedpostx
/usr/bin/fsl5.0-bedpostx_datacheck
/usr/bin/fsl5.0-bedpostx_postproc.sh
/usr/bin/fsl5.0-bedpostx_preproc.sh
/usr/bin/fsl5.0-bedpostx_single_slice.sh
/usr/bin/fsl5.0-bet
/usr/bin/fsl5.0-Bet
/usr/bin/fsl5.0-bet2
/usr/bin/fsl5.0-betsurf
/usr/bin/fsl5.0-calc_grad_perc_dev
/usr/bin/fsl5.0-ccops
/usr/bin/fsl5.0-checkFEAT
/usr/bin/fsl5.0-cluster
/usr/bin/fsl5.0-cluster2html
/usr/bin/fsl5.0-concat_bvars
/usr/bin/fsl5.0-ConcatXFM
/usr/bin/fsl5.0-connectedcomp
/usr/bin/fsl5.0-contrast_mgr
/usr/bin/fsl5.0-convertwarp
/usr/bin/fsl5.0-convert_xfm
/usr/bin/fsl5.0-create_lut
/usr/bin/fsl5.0-cutoffcalc
/usr/bin/fsl5.0-design_ttest2
/usr/bin/fsl5.0-distancemap
/usr/bin/fsl5.0-drawmesh
/usr/bin/fsl5.0-dtifit
/usr/bin/fsl5.0-dtigen
/usr/bin/fsl5.0-dual_regression
/usr/bin/fsl5.0-easythresh
/usr/bin/fsl5.0-eddy
/usr/bin/fsl5.0-eddy_combine
/usr/bin/fsl5.0-eddy_correct
/usr/bin/fsl5.0-epi_reg
/usr/bin/fsl5.0-estnoise
/usr/bin/fsl5.0-extractfidparams
/usr/bin/fsl5.0-extracttxt
/usr/bin/fsl5.0-fabber
/usr/bin/fsl5.0-fabber_var
/usr/bin/fsl5.0-fast
/usr/bin/fsl5.0-Fast
/usr/bin/fsl5.0-fdr
/usr/bin/fsl5.0-Fdt
/usr/bin/fsl5.0-fdt_rotate_bvecs
/usr/bin/fsl5.0-feat
/usr/bin/fsl5.0-Feat
/usr/bin/fsl5.0-feat_gm_prepare
/usr/bin/fsl5.0-feat_model
/usr/bin/fsl5.0-featquery
/usr/bin/fsl5.0-Featquery
/usr/bin/fsl5.0-featregapply
/usr/bin/fsl5.0-filmbabe
/usr/bin/fsl5.0-filmbabescript
/usr/bin/fsl5.0-film_gls
/usr/bin/fsl5.0-find_the_biggest
/usr/bin/fsl5.0-first
/usr/bin/fsl5.0-first3Dview
/usr/bin/fsl5.0-first_boundary_corr
/usr/bin/fsl5.0-first_flirt
/usr/bin/fsl5.0-first_mult_bcorr
/usr/bin/fsl5.0-first_roi_slicesdir
/usr/bin/fsl5.0-first_utils
/usr/bin/fsl5.0-flameo
/usr/bin/fsl5.0-flirt
/usr/bin/fsl5.0-Flirt
/usr/bin/fsl5.0-flirt_average
/usr/bin/fsl5.0-fnirt
/usr/bin/fsl5.0-fnirtfileutils
/usr/bin/fsl5.0-fsl
/usr/bin/fsl5.0-fsl2ascii
/usr/bin/fsl5.0-fsl_abspath
/usr/bin/fsl5.0-fsladd
/usr/bin/fsl5.0-fsl_anat
/usr/bin/fsl5.0-fslanimate
/usr/bin/fsl5.0-fslascii2img
/usr/bin/fsl5.0-fsl_boxplot
/usr/bin/fsl5.0-fslcc
/usr/bin/fsl5.0-fslchfiletype
/usr/bin/fsl5.0-fslchfiletype_exe
/usr/bin/fsl5.0-fslchpixdim
/usr/bin/fsl5.0-fslcomplex
/usr/bin/fsl5.0-fslcorrecthd
/usr/bin/fsl5.0-fslcpgeom
/usr/bin/fsl5.0-fslcreatehd
/usr/bin/fsl5.0-fslecho
/usr/bin/fsl5.0-fsledithd
/usr/bin/fsl5.0-fslerrorreport
/usr/bin/fsl5.0-fslfft
/usr/bin/fsl5.0-fslFixText
/usr/bin/fsl5.0-fsl_glm
/usr/bin/fsl5.0-fsl_gui
/usr/bin/fsl5.0-fslhd
/usr/bin/fsl5.0-fsl_histogram
/usr/bin/fsl5.0-fslinfo
/usr/bin/fsl5.0-fslinterleave
/usr/bin/fsl5.0-fslmaths
/usr/bin/fsl5.0-fslmeants
/usr/bin/fsl5.0-fslmerge
/usr/bin/fsl5.0-fslmodhd
/usr/bin/fsl5.0-fsl_motion_outliers
/usr/bin/fsl5.0-fsl_mvlm
/usr/bin/fsl5.0-fslnvols
/usr/bin/fsl5.0-fslorient
/usr/bin/fsl5.0-fsl_prepare_fieldmap
/usr/bin/fsl5.0-Fsl_prepare_fieldmap
/usr/bin/fsl5.0-fslpspec
/usr/bin/fsl5.0-fsl_reg
/usr/bin/fsl5.0-fsl_regfilt
/usr/bin/fsl5.0-fslreorient2std
/usr/bin/fsl5.0-fslroi
/usr/bin/fsl5.0-fsl_sbca
/usr/bin/fsl5.0-fsl_schurprod
/usr/bin/fsl5.0-fslselectvols
/usr/bin/fsl5.0-fslsize
/usr/bin/fsl5.0-fslslice
/usr/bin/fsl5.0-fslsmoothfill
/usr/bin/fsl5.0-fslsplit
/usr/bin/fsl5.0-fslstats
/usr/bin/fsl5.0-fsl_sub
/usr/bin/fsl5.0-fslsurfacemaths
/usr/bin/fsl5.0-fslswapdim
/usr/bin/fsl5.0-fslswapdim_exe
/usr/bin/fsl5.0-fsl_tsplot
/usr/bin/fsl5.0-fslval
/usr/bin/fsl5.0-fslvbm_1_bet
/usr/bin/fsl5.0-fslvbm_2_template
/usr/bin/fsl5.0-fslvbm_3_proc
/usr/bin/fsl5.0-ftoz
/usr/bin/fsl5.0-fugue
/usr/bin/fsl5.0-generate_b0
/usr/bin/fsl5.0-generate_b0calc
/usr/bin/fsl5.0-generate_brain
/usr/bin/fsl5.0-generateConfounds
/usr/bin/fsl5.0-Glm
/usr/bin/fsl5.0-gps
/usr/bin/fsl5.0-halfcosbasis
/usr/bin/fsl5.0-hist2prob
/usr/bin/fsl5.0-imcp
/usr/bin/fsl5.0-img2imgcoord
/usr/bin/fsl5.0-img2stdcoord
/usr/bin/fsl5.0-imglob
/usr/bin/fsl5.0-imln
/usr/bin/fsl5.0-immv
/usr/bin/fsl5.0-imrm
/usr/bin/fsl5.0-imtest
/usr/bin/fsl5.0-InvertXFM
/usr/bin/fsl5.0-invfeatreg
/usr/bin/fsl5.0-invwarp
/usr/bin/fsl5.0-invwarp_exe
/usr/bin/fsl5.0-label2surf
/usr/bin/fsl5.0-lesion_filling
/usr/bin/fsl5.0-mainfeatreg
/usr/bin/fsl5.0-make_dyadic_vectors
/usr/bin/fsl5.0-Make_flobs
/usr/bin/fsl5.0-makerot
/usr/bin/fsl5.0-maskdyads
/usr/bin/fsl5.0-match_smoothing
/usr/bin/fsl5.0-mccutup
/usr/bin/fsl5.0-mcflirt
/usr/bin/fsl5.0-mean
/usr/bin/fsl5.0-medianfilter
/usr/bin/fsl5.0-melodic
/usr/bin/fsl5.0-Melodic
/usr/bin/fsl5.0-midtrans
/usr/bin/fsl5.0-mm
/usr/bin/fsl5.0-morph_kernel
/usr/bin/fsl5.0-mp_diffpow.sh
/usr/bin/fsl5.0-mvntool
/usr/bin/fsl5.0-new_invwarp
/usr/bin/fsl5.0-Nudge
/usr/bin/fsl5.0-old_betall
/usr/bin/fsl5.0-overlay
/usr/bin/fsl5.0-oxford_asl
/usr/bin/fsl5.0-pairreg
/usr/bin/fsl5.0-perfusion_subtract
/usr/bin/fsl5.0-pngappend
/usr/bin/fsl5.0-Pnm
/usr/bin/fsl5.0-pnm_evs
/usr/bin/fsl5.0-pnm_stage1
/usr/bin/fsl5.0-pointflirt
/usr/bin/fsl5.0-popp
/usr/bin/fsl5.0-possum
/usr/bin/fsl5.0-Possum
/usr/bin/fsl5.0-possum_matrix
/usr/bin/fsl5.0-possum_sum
/usr/bin/fsl5.0-possumX
/usr/bin/fsl5.0-possumX_postproc.sh
/usr/bin/fsl5.0-prelude
/usr/bin/fsl5.0-prewhiten
/usr/bin/fsl5.0-probtrack
/usr/bin/fsl5.0-probtrackx
/usr/bin/fsl5.0-probtrackx2
/usr/bin/fsl5.0-proj_thresh
/usr/bin/fsl5.0-ptoz
/usr/bin/fsl5.0-pulse
/usr/bin/fsl5.0-pvmfit
/usr/bin/fsl5.0-qboot
/usr/bin/fsl5.0-qboot_parallel
/usr/bin/fsl5.0-qboot_postproc.sh
/usr/bin/fsl5.0-qboot_preproc.sh
/usr/bin/fsl5.0-quasil
/usr/bin/fsl5.0-randomise
/usr/bin/fsl5.0-randomise_parallel
/usr/bin/fsl5.0-remove_ext
/usr/bin/fsl5.0-renderhighres
/usr/bin/fsl5.0-Renderhighres
/usr/bin/fsl5.0-Renderstats
/usr/bin/fsl5.0-rmsdiff
/usr/bin/fsl5.0-robustfov
/usr/bin/fsl5.0-run_first
/usr/bin/fsl5.0-run_first_all
/usr/bin/fsl5.0-run_mesh_utils
/usr/bin/fsl5.0-selfintersection
/usr/bin/fsl5.0-setFEAT
/usr/bin/fsl5.0-setup_masks
/usr/bin/fsl5.0-siena
/usr/bin/fsl5.0-siena_cal
/usr/bin/fsl5.0-siena_diff
/usr/bin/fsl5.0-siena_flirt
/usr/bin/fsl5.0-siena_flow2std
/usr/bin/fsl5.0-sienax
/usr/bin/fsl5.0-sigloss
/usr/bin/fsl5.0-signal2image
/usr/bin/fsl5.0-sliceanimate
/usr/bin/fsl5.0-slicer
/usr/bin/fsl5.0-slices
/usr/bin/fsl5.0-slicesdir
/usr/bin/fsl5.0-slicesmask
/usr/bin/fsl5.0-slices_summary
/usr/bin/fsl5.0-slicetimer
/usr/bin/fsl5.0-smoothest
/usr/bin/fsl5.0-spharm_rm
/usr/bin/fsl5.0-standard_space_roi
/usr/bin/fsl5.0-std2imgcoord
/usr/bin/fsl5.0-surf2surf
/usr/bin/fsl5.0-surf2volume
/usr/bin/fsl5.0-surface_fdr
/usr/bin/fsl5.0-surf_proj
/usr/bin/fsl5.0-susan
/usr/bin/fsl5.0-Susan
/usr/bin/fsl5.0-swap_subjectwise
/usr/bin/fsl5.0-swap_voxelwise
/usr/bin/fsl5.0-systemnoise
/usr/bin/fsl5.0-tbss_1_preproc
/usr/bin/fsl5.0-tbss_2_reg
/usr/bin/fsl5.0-tbss_3_postreg
/usr/bin/fsl5.0-tbss_4_prestats
/usr/bin/fsl5.0-tbss_deproject
/usr/bin/fsl5.0-tbss_fill
/usr/bin/fsl5.0-tbss_non_FA
/usr/bin/fsl5.0-tbss_skeleton
/usr/bin/fsl5.0-tbss_sym
/usr/bin/fsl5.0-tbss_x
/usr/bin/fsl5.0-tcalc
/usr/bin/fsl5.0-Text2Vest
/usr/bin/fsl5.0-tmpnam
/usr/bin/fsl5.0-topup
/usr/bin/fsl5.0-tsplot
/usr/bin/fsl5.0-ttologp
/usr/bin/fsl5.0-ttoz
/usr/bin/fsl5.0-unconfound
/usr/bin/fsl5.0-updatefeatreg
/usr/bin/fsl5.0-vecreg
/usr/bin/fsl5.0-Vest2Text
/usr/bin/fsl5.0-viena_createpng
/usr/bin/fsl5.0-viena_quant
/usr/bin/fsl5.0-whirlgif
/usr/bin/fsl5.0-wpng
/usr/bin/fsl5.0-xfibres
/usr/bin/fsl5.0-zeropad
/usr/bin/fsl5.0-ztop
/usr/share/applications/fsl-5.0-core.desktop
---2:fslview
/usr/bin/atlasquery
/usr/bin/fslview
/usr/share/applications/fslview.desktop
---3:voxbo
/usr/bin/vbview2
/usr/lib/voxbo/bin/analyzeinfo
/usr/lib/voxbo/bin/calcgs
/usr/lib/voxbo/bin/calcps
/usr/lib/voxbo/bin/comptraces
/usr/lib/voxbo/bin/cub2pngs
/usr/lib/voxbo/bin/dcmcrawl
/usr/lib/voxbo/bin/dcmsplit
/usr/lib/voxbo/bin/dicominfo
/usr/lib/voxbo/bin/ffinfo
/usr/lib/voxbo/bin/fillmask
/usr/lib/voxbo/bin/gcheck
/usr/lib/voxbo/bin/gds
/usr/lib/voxbo/bin/glminfo
/usr/lib/voxbo/bin/makematk
/usr/lib/voxbo/bin/makematkg
/usr/lib/voxbo/bin/makevlsm
/usr/lib/voxbo/bin/minprep
/usr/lib/voxbo/bin/newprep
/usr/lib/voxbo/bin/niftiinfo
/usr/lib/voxbo/bin/oldprep
/usr/lib/voxbo/bin/permstep
/usr/lib/voxbo/bin/resample
/usr/lib/voxbo/bin/setorigin
/usr/lib/voxbo/bin/sliceacq
/usr/lib/voxbo/bin/spm8_coreg
/usr/lib/voxbo/bin/spm8_realign
/usr/lib/voxbo/bin/spm8_reslice
/usr/lib/voxbo/bin/spm8_segment
/usr/lib/voxbo/bin/spm8_warp
/usr/lib/voxbo/bin/tes2cub
/usr/lib/voxbo/bin/tesjoin
/usr/lib/voxbo/bin/tesplit
/usr/lib/voxbo/bin/vb2cub
/usr/lib/voxbo/bin/vb2img
/usr/lib/voxbo/bin/vb2imgs
/usr/lib/voxbo/bin/vb2tes
/usr/lib/voxbo/bin/vb2vmp
/usr/lib/voxbo/bin/vbcfx
/usr/lib/voxbo/bin/vbcmp
/usr/lib/voxbo/bin/vbconv
/usr/lib/voxbo/bin/vbdumpstats
/usr/lib/voxbo/bin/vbfdr
/usr/lib/voxbo/bin/vbfilter
/usr/lib/voxbo/bin/vbfit
/usr/lib/voxbo/bin/vbhdr
/usr/lib/voxbo/bin/vbi
/usr/lib/voxbo/bin/vbim
/usr/lib/voxbo/bin/vbimagemunge
/usr/lib/voxbo/bin/vbinterpolate
/usr/lib/voxbo/bin/vbmakefilter
/usr/lib/voxbo/bin/vbmakeglm
/usr/lib/voxbo/bin/vbmakeregress
/usr/lib/voxbo/bin/vbmakeresid
/usr/lib/voxbo/bin/vbmap
/usr/lib/voxbo/bin/vbmaskcompare
/usr/lib/voxbo/bin/vbmaskinfo
/usr/lib/voxbo/bin/vbmaskmunge
/usr/lib/voxbo/bin/vbmerge4d
/usr/lib/voxbo/bin/vbmm2
/usr/lib/voxbo/bin/vbmunge
/usr/lib/voxbo/bin/vborient
/usr/lib/voxbo/bin/vboverlap
/usr/lib/voxbo/bin/vbperminfo
/usr/lib/voxbo/bin/vbpermmat
/usr/lib/voxbo/bin/vbpermvec
/usr/lib/voxbo/bin/vbregion
/usr/lib/voxbo/bin/vbregress
/usr/lib/voxbo/bin/vbrename
/usr/lib/voxbo/bin/vbri
/usr/lib/voxbo/bin/vbscoregen
/usr/lib/voxbo/bin/vbse
/usr/lib/voxbo/bin/vbshift
/usr/lib/voxbo/bin/vbsim
/usr/lib/voxbo/bin/vbsmooth
/usr/lib/voxbo/bin/vbstatmap
/usr/lib/voxbo/bin/vbthresh
/usr/lib/voxbo/bin/vbtmap
/usr/lib/voxbo/bin/vbtool
/usr/lib/voxbo/bin/vbvec2hdr
/usr/lib/voxbo/bin/vbview2
/usr/lib/voxbo/bin/vbvolregress
/usr/lib/voxbo/bin/vbxts
/usr/lib/voxbo/bin/vecsplit
/usr/share/applications/vbview2.desktop

/usr/bin/fsl5.0-topup

~$ /usr/bin/fsl5.0-topup

Part of FSL (build 508)
topup

Usage: 
topup --imain=<some 4D image> --datain=<text file> --config=<text file with parameters> --out=my_topup_results


Compulsory arguments (You MUST set one or more of):
	--imain		name of 4D file with images
	--datain	name of text file with PE directions/times

Optional arguments (You may optionally specify one or more of):
	--out		base-name of output files (spline coefficients (Hz) and movement parameters)
	--fout		name of image file with field (Hz)
	--iout		name of 4D image file with unwarped images
	--logout	Name of log-file
	--warpres	(approximate) resolution (in mm) of warp basis for the different sub-sampling levels, default 10
	--subsamp	sub-sampling scheme, default 1
	--fwhm		FWHM (in mm) of gaussian smoothing kernel, default 8
	--config	Name of config file specifying command line arguments
	--miter		Max # of non-linear iterations, default 5
	--lambda	Weight of regularisation, default depending on --ssqlambda and --regmod switches. See user documetation.
	--ssqlambda	If set (=1), lambda is weighted by current ssq, default 1
	--regmod	Model for regularisation of warp-field [membrane_energy bending_energy], default bending_energy
	--estmov	Estimate movements if set, default 1 (true)
	--minmet	Minimisation method 0=Levenberg-Marquardt, 1=Scaled Conjugate Gradient, default 0 (LM)
	--splineorder	Order of spline, 2->Qadratic spline, 3->Cubic spline. Default=3
	--numprec	Precision for representing Hessian, double or float. Default double
	--interp	Image interpolation model, linear or spline. Default spline
	--scale		If set (=1), the images are individually scaled to a common mean, default 0 (false)
	--regrid		If set (=1), the calculations are done in a different grid, default 1 (true)
	-h,--help	display help info
	-v,--verbose	Print diagonostic information while running
	-h,--help	display help info

---
à remarquer ( apt show fsl-5.0-core )
"
Certains composants FSL nécessitent des paquets de données supplémentaires
(fsl-atlases, fsl-first-data, fsl-possum-data) actuellement disponibles
seulement depuis le référentiel NeuroDebian. Pour de plus amples
informations sur la manière d'obtenir ces paquets de données, veuillez
voir la page http://neuro.debian.net."

par exemple pour "xenial" et "all software"

wget -O- http://neuro.debian.net/lists/xenial.de-m.full | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pool.sks-keyservers.net:80 0xA5D32F012649A5A9