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Stonios

Besoin d'aide sur python

Salut les amis !

Alors voilà, je suis en deuxième année à la fac de bio, et voila, on commence à étudier la programmation via Python. Mon prof nous a donné un devoir noté pour demain, et avec des amis on bloque totalement sur 2 question.

Si l'un d'entre vous peut me sauver la vie en me donnant le code, ou même un indisce, ou même une explication de ce qu'il faut faire, ça me serait grandement utile, parce la, nous bloquons complètement dessus.

Bref, voila les 2 programmes à réaliser :

1)
localiserMotifXXXX() : une fonction qui localise un motif dans une séquence d'ADN.
a. localiserMotifSimple() : recherche d'un motif simple : AATTGC, dans la séquence
b. localiserMotifRE() : recherche d'un motif plus complexe qui est défini par une "expression régulière" (le module re de python) : [AT][GC]..AT* (A ou T, puis G ou C, 2 caractère quelconque, puis un A , puis 0 ou plusieurs T) les deux fonctions prennent comme argument une séquence d'ADN, un motif, la position de début de la recherche.

2)

signature() : une fonction qui dénombre tous les motifs de taille "m" (m pouvant prendre des valeur de 1 à 10 et erreur si au-delà). L'ensemble de ces motifs représentent la signature génomique d'une séquence d'ADN génomique. Ces motifs peuvent être visualisés graphiquement. On observe des différences significatives entre espèces.

Une figure est donnée avec de deuxieme exercice :

https://scontent-lhr3-1.xx.fbcdn.net/v/ … e=5736787C

Si qqn peut éclairer ma lanterne, un tout petit peut, ou énormement, ça me sauverais la vie. Merci

Dernière modification par Stonios (Le 13/05/2016, à 00:24)

pingouinux

Re : Besoin d'aide sur python

Bonjour

1)-a :

position_du_motif=sequence_ADN.index('AATTGC',debut)

1)-b :

motif=re.compile('[AT][GC]..AT*')
k=motif.search(sequence_ADN,debut)
chaine=k.group(0)

sequence_ADN est une variable qui contient une chaîne.

Ajouté : Pour 2), je n'ai pas compris la question, peux-tu donner un exemple

Dernière modification par pingouinux (Le 12/05/2016, à 18:50)

Stonios

Re : Besoin d'aide sur python

Bonjour !

Merci beaucoup pour la réponse n°1, mais je n'ai eu qu'une disaine d'heure de cours de Python, et nous n'avons pas étudier les index, je pense que le professeur désire une autre méthode pour résoudre l'exercice. il y aurait-il une méthode, (peut être plus longue) mais plus compréhensible pour des néophyte tel que nous ? Si il n'y a pas d'autre méthode nous nous efforcerons de comprendre l'index, tu nous a déja énormement aidé !

Pour la question 2, je vais t'envoyer un screenshoot de l'énoncé en entier, tu devrais peut être mieux comprendre, parce que nous, on est totalement dépassé.

ENONCE : https://scontent-cdg2-1.xx.fbcdn.net/v/ … e=5736AF45

EXEMPLE : https://scontent-cdg2-1.xx.fbcdn.net/v/ … e=573777B6

Exemple suite : https://scontent-cdg2-1.xx.fbcdn.net/v/ … e=57377E88

C'est hélas, tout ce que l'on a.

pingouinux

Re : Besoin d'aide sur python

Ça n'éclaire pas beaucoup ma lanterne.

Pour 1)-a, si tu cherches la localisation du motif dans la séquence, index est parfaitement adapté (c'est une méthode de str).

Tu peux en obtenir la documentation ainsi :
pydoc str.index (dans un terminal)
help(str.index) (dans l'interpréteur python)

Help on method_descriptor in str:

str.index = index(...)
    S.index(sub [,start [,end]]) -> int
   
    Like S.find() but raise ValueError when the substring is not found

Pour obtenir le nombre d'occurrences d'un motif dans une chaîne, c'est :

nombre=chaine.count(motif)