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jibbah

Problème de définition de variable

Bonjour,

Je n'arrive pas à définir la variable suivant:

seq1=tail -n +2 $fasta

la variable fasta fait référence à un fichier texte (la commande tail -n +2 $fasta > seq1 fonctionne très bien, mais je ne veux pas créer de fichier texte, mais enregistrer la variable)
Quelqu'un pourrait m'aider ?

Merci

Dernière modification par jibbah (Le 18/09/2017, à 10:07)

Postmortem

Re : Problème de définition de variable

Salut,

seq1=$(tail -n +2 "$fasta")

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Mot' a dit : « Un Hellfest sans Slayer, c'est comme une galette-saucisse sans saucisse ! »

jibbah

Re : Problème de définition de variable

Merci !
Pourquoi au juste faut-t-il placer la formule entre $() ? J'ai dû sauter un cours

Dernière modification par jibbah (Le 27/09/2014, à 12:32)

Postmortem

Re : Problème de définition de variable

$(commande) est remplacé par le résultat de la commande. L'affectation est ensuite faite.
Ça ne marche pas que pour les affectations, on peut par exemple faire :

echo "Voici la date : $(date)"

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Mot' a dit : « Un Hellfest sans Slayer, c'est comme une galette-saucisse sans saucisse ! »

jibbah

Re : Problème de définition de variable

J'en profite d'avoir lancé cette discussion pour en venir au deuxième problème rencontré à l'instant. J'ai écrit selon le meme modèle:

num=$(wc -m "$seq1")

qui me retourne une partie du fichier, suivi de "Le fichier est trop long"
j'ai aussi essayé

num=$(cat "$seq" | wc -m)

sans succès

Merci

Dernière modification par jibbah (Le 18/09/2017, à 10:07)

pingouinux

Re : Problème de définition de variable

Salut,
Essaye

num=$(wc -m <<<"$seq1")

jibbah

Re : Problème de définition de variable

Parfait, ca fonctionne, merci !