#1 Le 11/05/2022, à 17:33
- Phragmite
Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour,
J'ai un petit (gros ?) souci sur Ubuntu 20.04 : je n'arrive plus à faire démarrer le logiciel R (essentielle pour mon boulot).
Rapide historique du problème : je suis récemment passé de Ubuntu 18.04 à Ubuntu 20.04. A la suite de ce changement j'ai ré-installé R mais j'ai constaté un certain nombre de dysfonctionnement lors de l'installation de logiciels. Rien de neuf par rapport à d'habitude, il suffit en général d'installer 1 ou 2 paquet manquant via le terminal et ça règle le problème. Néanmoins, comme j'ai remarqué peu après que j'avais deux versions de R installées sur mon ordi (la 3.6 et la 4.2 ; je n'y avais pas fait attention lors du passage à Ubuntu 20.04) et que certains dysfonctionnements semblaient provenir de conflits entre bibliothèque des deux versions (je me trompe peut-être, mais c'est l'impression que me donnaient les messages d'erreur), j'ai décidé de supprimer toutes les librairies R de mon système de fichiers, de désinstaller R puis de le ré-installer via les dépôts Ubuntu.
Et c'est à partir de là que je n'ai plus réussi à lancer R du tout.
Voici ce que me renvoie mon ordi lorsque j'essaye d'ouvrir R dans le terminal :
leo@Renard:~$ r
r: error while loading shared libraries: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory
leo@Renard:~$De ce que je comprends, mon ordi ne parvient pas à trouver le fichier libR.so qui semble nécessaire pour le lancement de R. Le fichier lui-même existe bien dans mon système de fichiers comme le montre la commande suivante :
leo@Renard:~$ locate libR.so
/usr/lib/libR.so
leo@Renard:~$J'ai envie d'en conclue que mon ordi ne prends pas le bon chemin pour trouver le fichier libR.so , mais je me trompe peut-être...
Bref, est-ce que quelqu'un aurait une idée d'où pourrait provenir le problème ?
Merci d'avance !
Phragmite
Dernière modification par Phragmite (Le 12/05/2022, à 12:09)
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#2 Le 11/05/2022, à 17:38
- xubu1957
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour,
Donne le retour de :
sudo apt updateMontre aussi d'éventuels paquets cassés :
dpkg -l | grep -v ^iien te servant du Retour utilisable de commande.
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
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#3 Le 11/05/2022, à 17:42
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour , ce logiciel est specifique pour ton travail , il y a un depot ( PPA ) qui va avec ? ou une archive ?
quelle est la procedure d' installation pour ce logiciel ?
retour utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
Hors ligne
#4 Le 11/05/2022, à 17:52
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
xubu1957 a écrit :
Bonjour,
Donne le retour de :
sudo apt updateMontre aussi d'éventuels paquets cassés :
dpkg -l | grep -v ^iien te servant du Retour utilisable de commande.
Bonsoir xubu1957,
Merci pour ta réponse.
Voici pour la première commande :
leo@Renard:~$ sudo apt update
[sudo] Mot de passe de leo :
Réception de :1 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease [114 kB]
Atteint :2 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
Atteint :3 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease
Atteint :4 https://linux.teamviewer.com/deb stable InRelease
Atteint :5 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease
Atteint :6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease
Atteint :7 https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable InRelease
Réception de :8 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main i386 Packages [431 kB]
Réception de :9 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 Packages [1447 kB]
Réception de :10 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main Translation-en [249 kB]
Réception de :11 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 DEP-11 Metadata [40,7 kB]
Réception de :12 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 c-n-f Metadata [10,1 kB]
Réception de :13 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/restricted amd64 Packages [910 kB]
Réception de :14 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/restricted Translation-en [130 kB]
Réception de :15 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/universe amd64 Packages [702 kB]
Réception de :16 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [66,4 kB]
Réception de :17 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/universe amd64 c-n-f Metadata [14,4 kB]
Réception de :18 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/multiverse amd64 DEP-11 Metadata [2464 B]
4117 ko réceptionnés en 1s (5014 ko/s)
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
11 paquets peuvent être mis à jour. Exécutez « apt list --upgradable » pour les voir.
leo@Renard:~$ Et pour la seconde :
leo@Renard:~$ dpkg -l | grep -v ^ii
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==========================================-===================================-============-======================================================================================================
rc rstudio-server 2022.02.2+485 amd64 RStudio Server
leo@Renard:~$ Hors ligne
#5 Le 11/05/2022, à 17:57
- xubu1957
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
11 paquets peuvent être mis à jourMontre :
sudo apt full-upgradeConseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
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#6 Le 11/05/2022, à 18:01
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
iznobe a écrit :
Bonjour , ce logiciel est specifique pour ton travail , il y a un depot ( PPA ) qui va avec ? ou une archive ?
quelle est la procedure d' installation pour ce logiciel ?
Bonjour iznobe,
Merci pour ta réponse.
Je ne suis pas sûr de comprendre ce que tu veux dire par "spécifique". C'est un logiciel statistique très utilisé dans certains domaines académiques et probablement assez peu ailleurs. Je ne sais pas si ça répond à ta question.
Oui ! Il ya un dépôt qui va avec.
Pour l'installer, j'ai utilisé les deux commandes suivantes (comme indiqué sur ce tuto : https://doc.ubuntu-fr.org/r) :
sudo apt install r-basesudo apt install r-base-devOn peut également installer la version la plus récente via un miroir sur le site du CRAN, mais j'ai préféré opté pour les dépôts Ubuntu en considérant que le logiciel serait probablement plus stable ainsi.
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#7 Le 11/05/2022, à 18:06
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
xubu1957 a écrit :
11 paquets peuvent être mis à jourMontre :
sudo apt full-upgrade
Les paquets qui peuvent être mis à jour sont ceux des lignes qui commencent par
Réception de : , c'est ça ?
Résultat de full-upgrade :
leo@Renard:~$ sudo apt full-upgrade
[sudo] Mot de passe de leo :
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Calcul de la mise à jour... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
fonts-glyphicons-halflings jags javascript-common libc-ares2 libjs-bootstrap
libjs-highlight.js libjs-jquery libjs-jquery-datatables libnode64 node-highlight.js
node-html5shiv node-normalize.css nodejs nodejs-doc
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
linux-headers-5.13.0-41-generic linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41 linux-image-5.13.0-41-generic
linux-modules-5.13.0-41-generic linux-modules-extra-5.13.0-41-generic
Les paquets suivants seront mis à jour :
firefox firefox-locale-en firefox-locale-fr libcurl3-gnutls libcurl4 libcurl4-gnutls-dev
libnss3 linux-generic-hwe-20.04 linux-headers-generic-hwe-20.04 linux-image-generic-hwe-20.04
r-cran-lattice
11 mis à jour, 5 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
10 standard security updates
Il est nécessaire de prendre 156 Mo dans les archives.
Après cette opération, 509 Mo d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] O
Réception de :1 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-modules-5.13.0-41-generic amd64 5.13.0-41.46~20.04.1 [18,5 MB]
Réception de :2 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 [1133 kB]
Réception de :3 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 firefox amd64 100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1 [58,3 MB]
Réception de :4 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 firefox-locale-en amd64 100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1 [672 kB]
Réception de :5 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 firefox-locale-fr amd64 100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1 [487 kB]
Réception de :6 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 libcurl4-gnutls-dev amd64 7.68.0-1ubuntu2.11 [319 kB]
Réception de :7 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 libcurl3-gnutls amd64 7.68.0-1ubuntu2.11 [233 kB]
Réception de :8 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 libcurl4 amd64 7.68.0-1ubuntu2.11 [235 kB]
Réception de :9 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 libnss3 amd64 2:3.49.1-1ubuntu1.7 [1256 kB]
Réception de :10 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-image-5.13.0-41-generic amd64 5.13.0-41.46~20.04.1 [10,0 MB]
Réception de :11 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-modules-extra-5.13.0-41-generic amd64 5.13.0-41.46~20.04.1 [50,8 MB]
Réception de :12 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-generic-hwe-20.04 amd64 5.13.0.41.46~20.04.26 [1924 B]
Réception de :13 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-image-generic-hwe-20.04 amd64 5.13.0.41.46~20.04.26 [2612 B]
Réception de :14 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41 all 5.13.0-41.46~20.04.1 [11,8 MB]
Réception de :15 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-headers-5.13.0-41-generic amd64 5.13.0-41.46~20.04.1 [2581 kB]
Réception de :16 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates/main amd64 linux-headers-generic-hwe-20.04 amd64 5.13.0.41.46~20.04.26 [2496 B]
156 Mo réceptionnés en 17s (9144 ko/s)
(Lecture de la base de données... 320191 fichiers et répertoires déjà installés.)
Préparation du dépaquetage de .../00-firefox_100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de firefox (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) sur (99.0+build2-0ubuntu0.20.04.2) ...
Préparation du dépaquetage de .../01-firefox-locale-en_100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de firefox-locale-en (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) sur (99.0+build2-0ubuntu0.20.04.2
) ...
Préparation du dépaquetage de .../02-firefox-locale-fr_100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1_amd64.deb ...
Dépaquetage de firefox-locale-fr (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) sur (99.0+build2-0ubuntu0.20.04.2
) ...
Préparation du dépaquetage de .../03-libcurl4-gnutls-dev_7.68.0-1ubuntu2.11_amd64.deb ...
Dépaquetage de libcurl4-gnutls-dev:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) sur (7.68.0-1ubuntu2.10) ...
Préparation du dépaquetage de .../04-libcurl3-gnutls_7.68.0-1ubuntu2.11_amd64.deb ...
Dépaquetage de libcurl3-gnutls:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) sur (7.68.0-1ubuntu2.10) ...
Préparation du dépaquetage de .../05-libcurl4_7.68.0-1ubuntu2.11_amd64.deb ...
Dépaquetage de libcurl4:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) sur (7.68.0-1ubuntu2.10) ...
Préparation du dépaquetage de .../06-libnss3_2%3a3.49.1-1ubuntu1.7_amd64.deb ...
Dépaquetage de libnss3:amd64 (2:3.49.1-1ubuntu1.7) sur (2:3.49.1-1ubuntu1.6) ...
Sélection du paquet linux-modules-5.13.0-41-generic précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../07-linux-modules-5.13.0-41-generic_5.13.0-41.46~20.04.1_amd64.de
b ...
Dépaquetage de linux-modules-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Sélection du paquet linux-image-5.13.0-41-generic précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../08-linux-image-5.13.0-41-generic_5.13.0-41.46~20.04.1_amd64.deb
...
Dépaquetage de linux-image-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Sélection du paquet linux-modules-extra-5.13.0-41-generic précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../09-linux-modules-extra-5.13.0-41-generic_5.13.0-41.46~20.04.1_am
d64.deb ...
Dépaquetage de linux-modules-extra-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Préparation du dépaquetage de .../10-linux-generic-hwe-20.04_5.13.0.41.46~20.04.26_amd64.deb ...
Dépaquetage de linux-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) sur (5.13.0.40.45~20.04.25) ...
Préparation du dépaquetage de .../11-linux-image-generic-hwe-20.04_5.13.0.41.46~20.04.26_amd64.deb
...
Dépaquetage de linux-image-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) sur (5.13.0.40.45~20.04.25) .
..
Sélection du paquet linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41 précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../12-linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41_5.13.0-41.46~20.04.1_all.deb
...
Dépaquetage de linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41 (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Sélection du paquet linux-headers-5.13.0-41-generic précédemment désélectionné.
Préparation du dépaquetage de .../13-linux-headers-5.13.0-41-generic_5.13.0-41.46~20.04.1_amd64.de
b ...
Dépaquetage de linux-headers-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Préparation du dépaquetage de .../14-linux-headers-generic-hwe-20.04_5.13.0.41.46~20.04.26_amd64.d
eb ...
Dépaquetage de linux-headers-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) sur (5.13.0.40.45~20.04.25)
...
Préparation du dépaquetage de .../15-r-cran-lattice_0.20-45-3.2004.0_amd64.deb ...
Dépaquetage de r-cran-lattice (0.20-45-3.2004.0) sur (0.20-44-1cran2~ubuntu20.04.1~ppa1) ...
Paramétrage de firefox-locale-fr (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) ...
Paramétrage de firefox (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) ...
Please restart all running instances of firefox, or you will experience problems.
Paramétrage de libcurl3-gnutls:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) ...
Paramétrage de libnss3:amd64 (2:3.49.1-1ubuntu1.7) ...
Paramétrage de libcurl4-gnutls-dev:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) ...
Paramétrage de firefox-locale-en (100.0+build2-0ubuntu0.20.04.1) ...
Paramétrage de r-cran-lattice (0.20-45-3.2004.0) ...
Paramétrage de linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-41 (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Paramétrage de libcurl4:amd64 (7.68.0-1ubuntu2.11) ...
Paramétrage de linux-headers-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Paramétrage de linux-headers-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) ...
Paramétrage de linux-image-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
I: /boot/vmlinuz.old is now a symlink to vmlinuz-5.13.0-40-generic
I: /boot/initrd.img.old is now a symlink to initrd.img-5.13.0-40-generic
I: /boot/vmlinuz is now a symlink to vmlinuz-5.13.0-41-generic
I: /boot/initrd.img is now a symlink to initrd.img-5.13.0-41-generic
Paramétrage de linux-modules-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Paramétrage de linux-modules-extra-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~20.04.1) ...
Paramétrage de linux-image-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) ...
Paramétrage de linux-generic-hwe-20.04 (5.13.0.41.46~20.04.26) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour bamfdaemon (0.5.3+18.04.20180207.2-0ubuntu2)
...
Rebuilding /usr/share/applications/bamf-2.index...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour desktop-file-utils (0.24-1ubuntu3) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour mime-support (3.64ubuntu1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour hicolor-icon-theme (0.17-2) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour gnome-menus (3.36.0-1ubuntu1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour libc-bin (2.31-0ubuntu9.7) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour man-db (2.9.1-1) ...
Traitement des actions différées (« triggers ») pour linux-image-5.13.0-41-generic (5.13.0-41.46~2
0.04.1) ...
/etc/kernel/postinst.d/initramfs-tools:
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-5.13.0-41-generic
I: The initramfs will attempt to resume from /dev/nvme0n1p8
I: (UUID=c6e3a537-dced-4527-b384-823680ead698)
I: Set the RESUME variable to override this.
/etc/kernel/postinst.d/zz-update-grub:
Sourcing file `/etc/default/grub'
Sourcing file `/etc/default/grub.d/init-select.cfg'
Création du fichier de configuration GRUB…
Image Linux trouvée : /boot/vmlinuz-5.13.0-41-generic
Image mémoire initiale trouvée : /boot/initrd.img-5.13.0-41-generic
Image Linux trouvée : /boot/vmlinuz-5.13.0-40-generic
Image mémoire initiale trouvée : /boot/initrd.img-5.13.0-40-generic
Image Linux trouvée : /boot/vmlinuz-5.13.0-30-generic
Image mémoire initiale trouvée : /boot/initrd.img-5.13.0-30-generic
Windows Boot Manager trouvé sur /dev/nvme0n1p1@/EFI/Microsoft/Boot/bootmgfw.efi
Adding boot menu entry for UEFI Firmware Settings
faitCa à l'air d'avoir fait bouger des choses.
Hors ligne
#8 Le 11/05/2022, à 18:07
- xubu1957
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
Hors ligne
#9 Le 11/05/2022, à 18:16
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
xubu1957 a écrit :
Montre aussi :
dpkg -l "r-*"
Que fait cette commande exactement ?
Voilà la sortie du terminal :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déc>
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=====================-============-=======================================>
un r-api-4.0 <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base 4.2.0-1.2004.0 all GNU R statistical computation and graph>
ii r-base-core 4.2.0-1.2004.0 amd64 GNU R core of statistical computation a>
ii r-base-dev 4.2.0-1.2004.0 all GNU R installation of auxiliary GNU R p>
ii r-base-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html docs for statistical computi>
un r-base-latex <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-bioc-graph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-bbmle <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-biocmanager <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Ori>
un r-cran-caret <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by R>
un r-cran-cmprsk <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-codetools 0.2-18-1cran1.2004.0 all GNU R package "Code Analysis Tools for >
un r-cran-coin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-dendextend <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-fields <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-filehash <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-foreign 0.8.82-1.2004.0 amd64 GNU R package to read/write data from o>
un r-cran-future <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-genetics <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-getopt <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-haplo.stats <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-igraph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-kernsmooth 2.23-20-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Functions for Kernel Smo>
un r-cran-later <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 amd64 GNU R package for 'Trellis' graphics
un r-cran-lava <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-libcoin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-littler 0.3.15-1.2004.0 amd64 GNU R scripting and command-line front->
ii r-cran-mass 7.3-57-1.2004.0 amd64 GNU R package of Venables and Ripley's >
ii r-cran-matrix 1.4-1-1.2004.0 amd64 GNU R package of classes for dense and >
ii r-cran-mgcv 1.8-40-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Mixed GAM Computation Ve>
un r-cran-msm <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-nlme 3.1.157-1.2004.0 amd64 GNU R package for (non-)linear mixed ef>
ii r-cran-nnet 7.3-17-1.2004.0 amd64 GNU R package for feed-forward neural n>
un r-cran-permute <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-phangorn <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-popepi <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-rcompgen <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-recipes <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-rpart 4.1.16-1.2004.0 amd64 GNU R package for recursive partitionin>
un r-cran-sp <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-spam <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-spatial 7.3-11-2focal0 amd64 GNU R package for spatial statistics
ii r-cran-survival 3.2-13-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Survival Analysis"
un r-cran-units <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
lines 1-53
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=====================-============-=============================================================
un r-api-4.0 <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base 4.2.0-1.2004.0 all GNU R statistical computation and graphics system
ii r-base-core 4.2.0-1.2004.0 amd64 GNU R core of statistical computation and graphics system
ii r-base-dev 4.2.0-1.2004.0 all GNU R installation of auxiliary GNU R packages
ii r-base-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html docs for statistical computing system functions
un r-base-latex <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-bioc-graph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-bbmle <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-biocmanager <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Originally by Angelo
un r-cran-caret <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by Rousseeuw et al
un r-cran-cmprsk <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-codetools 0.2-18-1cran1.2004.0 all GNU R package "Code Analysis Tools for R"
un r-cran-coin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-dendextend <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-fields <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-filehash <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-foreign 0.8.82-1.2004.0 amd64 GNU R package to read/write data from other stat. systems
un r-cran-future <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-genetics <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-getopt <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-haplo.stats <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-igraph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-kernsmooth 2.23-20-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Functions for Kernel Smoothing Supporting
un r-cran-later <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 amd64 GNU R package for 'Trellis' graphics
un r-cran-lava <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-libcoin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-littler 0.3.15-1.2004.0 amd64 GNU R scripting and command-line front-end
ii r-cran-mass 7.3-57-1.2004.0 amd64 GNU R package of Venables and Ripley's MASS
ii r-cran-matrix 1.4-1-1.2004.0 amd64 GNU R package of classes for dense and sparse matrices
ii r-cran-mgcv 1.8-40-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Mixed GAM Computation Vehicle with
un r-cran-msm <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-nlme 3.1.157-1.2004.0 amd64 GNU R package for (non-)linear mixed effects models
ii r-cran-nnet 7.3-17-1.2004.0 amd64 GNU R package for feed-forward neural networks
un r-cran-permute <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-phangorn <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-popepi <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-rcompgen <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-recipes <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-rpart 4.1.16-1.2004.0 amd64 GNU R package for recursive partitioning and regression trees
un r-cran-sp <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-spam <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-spatial 7.3-11-2focal0 amd64 GNU R package for spatial statistics
ii r-cran-survival 3.2-13-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Survival Analysis"
un r-cran-units <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vegan <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vr <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-zelig <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-doc-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html manuals for statistical computing system
un r-doc-info <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-doc-pdf <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-gnome <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-mathlib <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-recommended 4.2.0-1.2004.0 all GNU R collection of recommended packages [metapackage]Hors ligne
#10 Le 11/05/2022, à 18:19
- xubu1957
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Je vais laisser répondre les connaisseurs.
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
Hors ligne
#11 Le 11/05/2022, à 18:25
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
xubu1957 a écrit :
Je vais laisser répondre les connaisseurs.
Entendu. Merci pour ton aide en tout cas !
Hors ligne
#12 Le 11/05/2022, à 18:33
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bon , je n' y connais rien a ce logiciel , mais on peut tout de meme regarder la liste des sources annexes , car a priori tu as le PPA de cran ( celui de la doc actuelle ) alors que tu dis le depot standard de ubuntu ( le probleme doit venir de là certainement , double installation une avec les depots , l' autre avec le PPA ) .
Donc donne :
ls -l /etc/apt/sources.list.d/find /etc/apt -name '*.list' -exec bash -c 'echo -e "\n$1\n"; nl -ba "$1"' _ '{}' \;Dans tous les cas , il faut tenter une reinstallation sur une base propre , il faut donc deja commencer par desinstaller et voir si il reste des residus ensuite , donne :
sudo apt remove r-base-devsudo apt remove r-baseet pour verification des restes :
dpkg -l "r-*"D ' apres la doc il y a besoin de ces paquets pour l ' install de paquets speciaux additionnels pour " r " , autant s ' assurer qu ils sont donc bien installes :
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngrPour la reinstallation future , si tu gardes le PPA cran , tu auras la derniere version et tu ne pourras donc plus utiliser la version standard des depots , tant que ce PPA sera en place . c ' est ce que tu desires faire maintenant ?
Dernière modification par iznobe (Le 11/05/2022, à 18:44)
retour utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
Hors ligne
#13 Le 11/05/2022, à 18:50
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
iznobe a écrit :
Bon , je n' y connais rien a ce logiciel , mais on peut tout de meme regarder la liste des sources annexes , car a priori tu as le PPA de cran ( celui de la doc actuelle ) alors que tu dis en avoir mis un autre .
En effet, c'est bizarre... J'ai pourtant bien installer le paquet via apt...
La première commande renvoie :
leo@Renard:~$ ls -l /etc/apt/sources.list.d/
total 8
-rw-r--r-- 1 root root 459 mai 5 17:22 mendeleydesktop.list
-rw-r--r-- 1 root root 1201 avril 15 10:12 teamviewer.list
leo@Renard:~$La deuxième commande renvoie :
leo@Renard:~$ find /etc/apt -name '*.list' -exec bash -c 'echo -e "\n$1\n"; nl -ba "$1"' _ '{}' \;
/etc/apt/sources.list
1 # deb cdrom:[Ubuntu 20.04.4 LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20220223)]/ focal main restricted
2
3 # See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
4 # newer versions of the distribution.
5 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
6 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
7
8 ## Major bug fix updates produced after the final release of the
9 ## distribution.
10 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
11 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
12
13 ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
14 ## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
15 ## review or updates from the Ubuntu security team.
16 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
17 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
18 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
19 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
20
21 ## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
22 ## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to
23 ## your rights to use the software. Also, please note that software in
24 ## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
25 ## security team.
26 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
27 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
28 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
29 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
30
31 ## N.B. software from this repository may not have been tested as
32 ## extensively as that contained in the main release, although it includes
33 ## newer versions of some applications which may provide useful features.
34 ## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
35 ## or updates from the Ubuntu security team.
36 deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
37 # deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
38
39 ## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
40 ## 'partner' repository.
41 ## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
42 ## respective vendors as a service to Ubuntu users.
43 # deb http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
44 # deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
45
46 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
47 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
48 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
49 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
50 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
51 # deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
52
53 # This system was installed using small removable media
54 # (e.g. netinst, live or single CD). The matching "deb cdrom"
55 # entries were disabled at the end of the installation process.
56 # For information about how to configure apt package sources,
57 # see the sources.list(5) manual.
58 deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
59 # deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
/etc/apt/sources.list.d/teamviewer.list
1 ### TeamViewer DEB repository list
2
3 ### NOTE: Manual changes to this file
4 ### - prevent it from being updated by TeamViewer package updates
5 ### - will be lost after using the 'teamviewer repo' command
6 ### The original file can be restored with this command:
7 ### cp /opt/teamviewer/tv_bin/script/teamviewer.list /etc/apt/sources.list.d/teamviewer.list
8 ### which has the same effect as 'teamviewer repo default'
9
10 ### NOTE: It is preferred to use the following commands to edit this file:
11 ### teamviewer repo - show current repository configuration
12 ### teamviewer repo default - restore default configuration
13 ### teamviewer repo disable - disable the repository
14 ### teamviewer repo stable - make all regular TeamViewer packages available (default)
15 ### teamviewer repo preview - additionally, make feature preview packages available
16 ### teamviewer repo development - additionally, make the latest development packages available
17
18
19 deb https://linux.teamviewer.com/deb stable main
20
21 # deb https://linux.teamviewer.com/deb preview main
22 # deb https://linux.teamviewer.com/deb development main
/etc/apt/sources.list.d/mendeleydesktop.list
1 # This file lists the repositories for Mendeley Desktop.
2 #
3 # These repositories should work with most recent Debian/Ubuntu-based Linux
4 # distributions.
5 #
6 # If you have any problems with Mendeley's Debian/Ubuntu repositories,
7 # you can let us know at http://feedback.mendeley.com
8 #
9 # The distribution name sets the release channel you want to use,
10 # which can be either "stable" or "preview"
11
12 deb https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable main
leo@Renard:~$ Les commandes de désinstallation :
leo@Renard:~$ sudo apt remove r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
fonts-glyphicons-halflings jags javascript-common libbz2-dev libc-ares2 libjs-bootstrap
libjs-highlight.js libjs-jquery libjs-jquery-datatables libncurses-dev libncurses5-dev
libnode64 libpcre2-dev libpcre2-posix2 libreadline-dev linux-headers-5.13.0-30-generic
linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-30 linux-image-5.13.0-30-generic linux-modules-5.13.0-30-generic
linux-modules-extra-5.13.0-30-generic node-highlight.js node-html5shiv node-normalize.css
nodejs nodejs-doc
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
r-base-dev
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 1 à enlever et 0 non mis à jour.
Après cette opération, 15,4 ko d'espace disque seront libérés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] O
(Lecture de la base de données... 355182 fichiers et répertoires déjà installés.)
Suppression de r-base-dev (4.2.0-1.2004.0) ...
leo@Renard:~$ sudo apt remove r-base
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
fonts-glyphicons-halflings jags javascript-common libbz2-dev libc-ares2 libjs-bootstrap
libjs-highlight.js libjs-jquery libjs-jquery-datatables libncurses-dev libncurses5-dev
libnode64 libpcre2-dev libpcre2-posix2 libreadline-dev linux-headers-5.13.0-30-generic
linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-30 linux-image-5.13.0-30-generic linux-modules-5.13.0-30-generic
linux-modules-extra-5.13.0-30-generic node-highlight.js node-html5shiv node-normalize.css
nodejs nodejs-doc
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
r-base
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 1 à enlever et 0 non mis à jour.
Après cette opération, 64,5 ko d'espace disque seront libérés.
Souhaitez-vous continuer ? [O/n] O
(Lecture de la base de données... 355179 fichiers et répertoires déjà installés.)
Suppression de r-base (4.2.0-1.2004.0) ...
leo@Renard:~$Le renvoi de la quatrième commande :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déc>
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=====================-============-=======================================>
un r-api-4.0 <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-base <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base-core 4.2.0-1.2004.0 amd64 GNU R core of statistical computation a>
un r-base-dev <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html docs for statistical computi>
un r-base-latex <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-bioc-graph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-bbmle <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-biocmanager <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Ori>
un r-cran-caret <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by R>
un r-cran-cmprsk <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-codetools 0.2-18-1cran1.2004.0 all GNU R package "Code Analysis Tools for >
un r-cran-coin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-dendextend <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-fields <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-filehash <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-foreign 0.8.82-1.2004.0 amd64 GNU R package to read/write data from o>
un r-cran-future <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-genetics <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-getopt <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-haplo.stats <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-igraph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-kernsmooth 2.23-20-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Functions for Kernel Smo>
un r-cran-later <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 amd64 GNU R package for 'Trellis' graphics
un r-cran-lava <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-libcoin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-littler 0.3.15-1.2004.0 amd64 GNU R scripting and command-line front->
ii r-cran-mass 7.3-57-1.2004.0 amd64 GNU R package of Venables and Ripley's >
ii r-cran-matrix 1.4-1-1.2004.0 amd64 GNU R package of classes for dense and >
ii r-cran-mgcv 1.8-40-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Mixed GAM Computation Ve>
un r-cran-msm <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-nlme 3.1.157-1.2004.0 amd64 GNU R package for (non-)linear mixed ef>
ii r-cran-nnet 7.3-17-1.2004.0 amd64 GNU R package for feed-forward neural n>
un r-cran-permute <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-phangorn <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-popepi <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-rcompgen <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-recipes <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-rpart 4.1.16-1.2004.0 amd64 GNU R package for recursive partitionin>
un r-cran-sp <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-spam <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-spatial 7.3-11-2focal0 amd64 GNU R package for spatial statistics
ii r-cran-survival 3.2-13-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Survival Analysis"
un r-cran-units <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vegan <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vr <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-zelig <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-doc-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html manuals for statistical comp>
un r-doc-info <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-doc-pdf <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-gnome <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-mathlib <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-recommended 4.2.0-1.2004.0 all GNU R collection of recommended package>
lines 11-62/62 (END)
leo@Renard:~$Il y a l'air d'y avoir un certain nombre de restes. C'est normal ?
Et enfin, le retour de la dernière commande :
leo@Renard:~$ sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
dirmngr est déjà la version la plus récente (2.2.19-3ubuntu2.1).
software-properties-common est déjà la version la plus récente (0.99.9.8).
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
fonts-glyphicons-halflings jags javascript-common libbz2-dev libc-ares2 libjs-bootstrap
libjs-highlight.js libjs-jquery libjs-jquery-datatables libncurses-dev libncurses5-dev
libnode64 libpcre2-dev libpcre2-posix2 libreadline-dev linux-headers-5.13.0-30-generic
linux-hwe-5.13-headers-5.13.0-30 linux-image-5.13.0-30-generic linux-modules-5.13.0-30-generic
linux-modules-extra-5.13.0-30-generic node-highlight.js node-html5shiv node-normalize.css
nodejs nodejs-doc
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
leo@Renard:~$ Dernière modification par Phragmite (Le 11/05/2022, à 19:00)
Hors ligne
#14 Le 11/05/2022, à 18:52
- xubu1957
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Pour ne pas alourdir les messages :
Règles du forum= § Politesse a écrit :
(...)
3. Utilisez la citation avec modération : il ne sert à rien de citer l'intégralité du post précédent.
(...)
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
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#15 Le 11/05/2022, à 19:00
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Désolé, c'est noté !
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#16 Le 11/05/2022, à 19:18
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
ok alors passe pour ne pas alourdir les futurs retours :
sudo apt autoremovepas besoin du retour .
Il va falloir remettre le PPA cran , je pense que les restes sont du au fait que tu as du enlever le depot sans utiliser " ppa-purge " vu que dans le " sudo apt update " du depart on y voit :
Atteint :6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InReleaseMais on ne trouve plus son contenu dans les sources annexes ...
Pour qu ' on soit au clair , tu desires donc installer le logiciel " r " des depots standards ?
Dernière modification par iznobe (Le 11/05/2022, à 19:18)
retour utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
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#17 Le 11/05/2022, à 19:29
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
iznobe a écrit :
Pour qu ' on soit au clair , tu desires donc installer le logiciel " r " des depots standards ?
C'est ça. Parce que généralement plus stable de ce que j'ai compris.
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#18 Le 11/05/2022, à 19:34
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
ok , alors on va remettre le PPA ( donne les retours stp ) :
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"Puis repasse les commandes pour desinstaller :
sudo apt remove --purge r-basesudo apt remove --purge r-base-devet pour verifier :
dpkg -l "r-*"Dernière modification par iznobe (Le 11/05/2022, à 19:39)
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#19 Le 11/05/2022, à 19:48
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Attends, je crois que j'ai mal compris ta question : ce que tu appelles les dépôts standards, ce sont les dépôts Ubuntu ou les dépôts du CRAN ?
Pour ma part, je souhaiterais installer la version des dépôts Ubuntu, les logiciels de ces dépôts étant généralement plus stable.
C'est la version présente sur les dépôts du CRAN que permettent d'installer les dernières lignes de commandes, non ?
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#20 Le 11/05/2022, à 20:07
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Phragmite a écrit :
leo@Renard:~$ r r: error while loading shared libraries: libR.so: cannot open shared object file: No such file or directory leo@Renard:~$De ce que je comprends, mon ordi ne parvient pas à trouver le fichier libR.so qui semble nécessaire pour le lancement de R. Le fichier lui-même existe bien dans mon système de fichiers comme le montre la commande suivante :
leo@Renard:~$ locate libR.so /usr/lib/libR.so leo@Renard:~$
Edit de ce que je disais dans mon premier post : apparemment, /usr/lib/libR.so n'est qu'un lien symbolique vers /usr/lib/R/lib/libR.so qui lui est la vraie librairie. Or, Celle-ci n'existe pas dans mon système de fichier.
Est-ce que ça aide ?
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#21 Le 11/05/2022, à 20:36
- iznobe
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Phragmite a écrit :
Attends, je crois que j'ai mal compris ta question : ce que tu appelles les dépôts standards, ce sont les dépôts Ubuntu ou les dépôts du CRAN ?
on s' est tres bien compris , les depots standards sont ceux d ' ubuntu .
le PPA c ' est la version du cran .
oui , mais tu avais le PPA cran et tu as installé la version de " r " du PPA , il faut donc desinstaller la version de r et ses paquets du PPA , le PPA et ensuite reinstaller la version des depots standards .
on le voit tres bien , puisque tous les "residus" comporte "cran" dans leur nom .
un petit extrait :
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Ori>
un r-cran-caret <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by R>Apres avoir mis le PPA , il suffit d ' effectuer une mise a jour des paquets pour que les versions de paquets du PPA arrive sur ton OS .
il faudrait donner les commandes du message #18 , et si cela ne supprime pas les differents paquets du PPA qui reste sur ton OS , on fera une desinstall plus " raide " en 2 commandes , puis une desinstallation du PPA dans les regles , puis une reinstallation de " r " classique via les depots standards .
Dernière modification par iznobe (Le 11/05/2022, à 21:12)
retour utilisable de commande
MSI Z490A-pro , i7 10700 , 32 GB RAM .
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#22 Le 11/05/2022, à 21:32
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Entendu.
Voici le retour de la première commande :
leo@Renard:~$ sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
[sudo] Mot de passe de leo :
Désolé, essayez de nouveau.
[sudo] Mot de passe de leo :
Atteint :1 https://linux.teamviewer.com/deb stable InRelease
Atteint :2 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
Atteint :3 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease
Atteint :4 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease
Atteint :5 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease
Atteint :6 https://desktop-download.mendeley.com/download/apt stable InRelease
Réception de :7 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease [114 kB]
Réception de :8 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/main amd64 DEP-11 Metadata [40,6 kB]
Réception de :9 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [66,3 kB]
Réception de :10 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security/multiverse amd64 DEP-11 Metadata [2464 B]
223 ko réceptionnés en 1s (260 ko/s)
Lecture des listes de paquets... Fait
leo@Renard:~$ Retour de la seconde commande :
leo@Renard:~$ sudo apt remove --purge r-base
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Le paquet « r-base » n'est pas installé, et ne peut donc être supprimé
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
leo@Renard:~$ Retour de la troisième commande :
leo@Renard:~$ sudo apt remove --purge r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
Le paquet « r-base-dev » n'est pas installé, et ne peut donc être supprimé
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
leo@Renard:~$ Et retour de la quatrième commande :
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déc>
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=====================-============-=======================================>
un r-api-4.0 <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-base <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base-core 4.2.0-1.2004.0 amd64 GNU R core of statistical computation a>
un r-base-dev <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-base-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html docs for statistical computi>
un r-base-latex <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-bioc-graph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-bbmle <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-biocmanager <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Ori>
un r-cran-caret <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by R>
un r-cran-cmprsk <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-codetools 0.2-18-1cran1.2004.0 all GNU R package "Code Analysis Tools for >
un r-cran-coin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-dendextend <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-fields <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-filehash <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-foreign 0.8.82-1.2004.0 amd64 GNU R package to read/write data from o>
un r-cran-future <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-genetics <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-getopt <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-haplo.stats <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-igraph <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-kernsmooth 2.23-20-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Functions for Kernel Smo>
un r-cran-later <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 amd64 GNU R package for 'Trellis' graphics
un r-cran-lava <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-libcoin <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-littler 0.3.15-1.2004.0 amd64 GNU R scripting and command-line front->
ii r-cran-mass 7.3-57-1.2004.0 amd64 GNU R package of Venables and Ripley's >
ii r-cran-matrix 1.4-1-1.2004.0 amd64 GNU R package of classes for dense and >
ii r-cran-mgcv 1.8-40-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Mixed GAM Computation Ve>
un r-cran-msm <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-nlme 3.1.157-1.2004.0 amd64 GNU R package for (non-)linear mixed ef>
ii r-cran-nnet 7.3-17-1.2004.0 amd64 GNU R package for feed-forward neural n>
un r-cran-permute <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-phangorn <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-popepi <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-rcompgen <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-recipes <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-rpart 4.1.16-1.2004.0 amd64 GNU R package for recursive partitionin>
un r-cran-sp <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-spam <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-cran-spatial 7.3-11-2focal0 amd64 GNU R package for spatial statistics
ii r-cran-survival 3.2-13-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Survival Analysis"
un r-cran-units <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vegan <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-vr <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-cran-zelig <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-doc-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html manuals for statistical comp>
un r-doc-info <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-doc-pdf <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-gnome <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
un r-mathlib <aucune> <aucune> (aucune description n'est disponible)
ii r-recommended 4.2.0-1.2004.0 all GNU R collection of recommended package>
lines 11-62/62 (END)
leo@Renard:~$ J'ai l'impression qu'il reste des paquets du PPA... On passe à la désinstallation plus raide ?
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#23 Le 11/05/2022, à 21:45
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour,
Phragmite a écrit :
J'ai l'impression qu'il reste des paquets du PPA... On passe à la désinstallation plus raide ?
Je tenterais d’abord un :
sudo apt autoremove --purgeSuivi d’un contrôle :
dpkg -l "r-*" | grep -v "^un"Hors ligne
#24 Le 11/05/2022, à 22:35
- Phragmite
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Bonjour Nany,
Merci pour ta réponse.
Voici le retour des lignes de commande que tu m'as indiquées :
leo@Renard:~$ sudo apt autoremove --purge
[sudo] Mot de passe de leo :
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.
leo@Renard:~$ dpkg -l "r-*" | grep -v "^un"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=====================-============-=============================================================
ii r-base-core 4.2.0-1.2004.0 amd64 GNU R core of statistical computation and graphics system
ii r-base-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html docs for statistical computing system functions
ii r-cran-boot 1.3-28-1cran1.2004.0 all GNU R package "Bootstrap Functions (Originally by Angelo
ii r-cran-class 7.3-20-1.2004.0 amd64 GNU R package for classification
ii r-cran-cluster 2.1.3-1.2004.0 amd64 GNU R package for cluster analysis by Rousseeuw et al
ii r-cran-codetools 0.2-18-1cran1.2004.0 all GNU R package "Code Analysis Tools for R"
ii r-cran-foreign 0.8.82-1.2004.0 amd64 GNU R package to read/write data from other stat. systems
ii r-cran-kernsmooth 2.23-20-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Functions for Kernel Smoothing Supporting
ii r-cran-lattice 0.20-45-3.2004.0 amd64 GNU R package for 'Trellis' graphics
ii r-cran-littler 0.3.15-1.2004.0 amd64 GNU R scripting and command-line front-end
ii r-cran-mass 7.3-57-1.2004.0 amd64 GNU R package of Venables and Ripley's MASS
ii r-cran-matrix 1.4-1-1.2004.0 amd64 GNU R package of classes for dense and sparse matrices
ii r-cran-mgcv 1.8-40-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Mixed GAM Computation Vehicle with
ii r-cran-nlme 3.1.157-1.2004.0 amd64 GNU R package for (non-)linear mixed effects models
ii r-cran-nnet 7.3-17-1.2004.0 amd64 GNU R package for feed-forward neural networks
ii r-cran-rpart 4.1.16-1.2004.0 amd64 GNU R package for recursive partitioning and regression trees
ii r-cran-spatial 7.3-11-2focal0 amd64 GNU R package for spatial statistics
ii r-cran-survival 3.2-13-1cran1.2004.0 amd64 GNU R package "Survival Analysis"
ii r-doc-html 4.2.0-1.2004.0 all GNU R html manuals for statistical computing system
ii r-recommended 4.2.0-1.2004.0 all GNU R collection of recommended packages [metapackage]
leo@Renard:~$ Hors ligne
#25 Le 11/05/2022, à 23:08
- nany
Re : Logiciel R ne se lance pas (Ubuntu 20.04) [Résolu]
Rien de supprimé. Alors allons-y gaiement ; donne le retour de :
dpkg -l "r-*" | grep "^ii" | awk '{print $2}' | xargs -r sudo apt remove --purgePuis donne le retour de :
cat /etc/apt/sources.listHors ligne