#1 Le 23/12/2013, à 18:42
- Anima783
Installation de abinit sur ubuntu 13.10
Bonjour à tous,
Je suis nouveau sur le forum, mais j'utilise des systèmes linux depuis un moment déjà, principalement au travail d'ailleurs. Je travaille dans la modélisation de matériaux et utilise des stations de travail Dell équipée de Ubuntu pour mon travail.
Nous avons récemment reçu une nouvelle machine sur laquelle j'ai fait l'installation de ubuntu 13.10. J'ai aussi équipée un notebook asus avec écran tactile avec cette nouvelle version de Ubuntu. D'un point de vue installation, et fonctionnement de base, je n'ai pas grand chose à redire, tout s'est relativement bien passé et la fonction tactile marche bien.
Là où je rencontre un problème, c'est sur mes stations de travail. Du type Precision-T5610. Je dois installer le programme que j'utilise pour travailler, mais dans sa version parallèle. Il s'agit du programme Abinit: http://www.abinit.org/downloads/source- … 1/releases
Pour ce faire, je dois utiliser openmpi. Dans la dernière version de ubuntu, la suite de compilateurs gnu est à la version 4.8. J'ai d'abord installé tout le nécessaire avec apt-get. Puis j'ai réalisé la compilation de abinit. La compilation se passe bien et le programme s'installe. La version séquentielle du code marche bien. Par contre, quand il s'agit d'utiliser la version parallèle, ça plante rapidement avec les messages d'erreurs suivant:
"---SELF-CONSISTENT-FIELD CONVERGENCE--------------------------------------------
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
FFT (fine) grid used in SCF cycle:
getcut: wavevector= 0.0000 0.0000 0.0000 ngfft= 96 96 48
ecut(hartree)= 60.000 => boxcut(ratio)= 2.06943
#0 0x7F28CA3A37D7
#1 0x7F28CA3A3DDE
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#2 0x7F28C98CFFEF
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#0 0x7F88B45DC7D7
#1 0x7F88B45DCDDE
#2 0x7F88B3B08FEF
#0 0x7FA9B36D57D7
#1 0x7FA9B36D5DDE
#2 0x7FA9B2C01FEF
#3 0xE5233A in __m_abihist_MOD_abihist_compare at m_abihist.F90:925
#4 0x4A221C in mover_ at mover.F90:513
#5 0x4873FC in gstate_ at gstate.F90:1222
#6 0x41A74A in gstateimg_ at gstateimg.F90:424
#7 0x40F741 in driver_ at driver.F90:656 (discriminator 2)
#8 0x40621B in abinit at abinit.F90:441
#3 0xE5233A in __m_abihist_MOD_abihist_compare at m_abihist.F90:925
#4 0x4A221C in mover_ at mover.F90:513
#5 0x4873FC in gstate_ at gstate.F90:1222
#6 0x41A74A in gstateimg_ at gstateimg.F90:424
#7 0x40F741 in driver_ at driver.F90:656 (discriminator 2)
#8 0x40621B in abinit at abinit.F90:441
#3 0xE5233A in __m_abihist_MOD_abihist_compare at m_abihist.F90:925
#4 0x4A221C in mover_ at mover.F90:513
#5 0x4873FC in gstate_ at gstate.F90:1222
#6 0x41A74A in gstateimg_ at gstateimg.F90:424
#7 0x40F741 in driver_ at driver.F90:656 (discriminator 2)
#8 0x40621B in abinit at abinit.F90:441
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 3 with PID 1061 on node Precision-T5610 exited on signal 11 (Segmentation fault)."
J'ai tout essayé pour tenter de remédier aux problèmes, j'ai installé les compilateurs des versions précédentes 4.7 et 4.6 et relancer l'installation de openmpi et de abinit. Cela n'a rien changé, j'ai aussi tenté l'installation de openmpi via des versions plus récentes ou plus anciennes, rien n'a marché, et j'obtiens plus ou moins les mêmes types de messages d'erreurs.
Je ne suis pas sûr d'avoir fait tout ce qu'il fallait faire, mais j'ai fait d'innombrables tests et je suis à bout de ressources, c'est pourquoi je viens vers vous. C'est peut-être un problème avec abinit, mais de précédentes versions fonctionnaient avec de précédentes versions de ubuntu. J'ai fait quelques tests avec abinit-7.4.2, sans succès non plus.
Si quelqu'un a une explication, idée, je suis preneur.
Merci d'avance, cordialement.
Dernière modification par Anima783 (Le 23/12/2013, à 18:43)
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#2 Le 02/01/2014, à 20:06
- pouillon
Re : Installation de abinit sur ubuntu 13.10
A priori, ces incidents ne sont pas spécifiques à Ubuntu. De nombreux problèmes liés à l'initialisation des variables internes ont été corrigés pour la version 7.6.1 qui sortira d'ici quelques semaines. Si vous avez davantage de questions ou souhaitez nous signaler d'autres problèmes, n'hésitez pas à vous connecter sur les forums d'Abinit (http://forum.abinit.org/) ou bien sur la page Launchpad d'Abinit (https://launchpad.net/abinit. Merci d'avance de nous signaler également si vos problèmes actuels ont été résolus dans la version 7.6.1.
Dernière modification par pouillon (Le 02/01/2014, à 20:08)
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