#1 Le 23/01/2024, à 17:50
- phleconte
[résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Bonjour,
j'utilise Rstudio de façon assez irrégulière, la dernière fois il y a plusieurs mois. En tentant de le lancer, j'obtiens le message d'erreur suivant : "R Not installed. R does not appear to be installed, please install R before running Rstudio". Sans vérifier, j'ai ré-installé R (V 4.3.2-1). La version actuelle de Rstudio est rstudio-2023.12.0-369-amd64. Deux éléments :
1/ si je tente de lancer R en console (philippe@HP-elitebook:~$ r), il ne se passe rien mais il n'y a pas non plus de message d'erreur
2/ depuis la dernière utilisation de Rstudio, j'ai installé Jamovi qui est un logiciel graphique utilisant R
En faisant des recherches, il s'avère que ce problème est connu,
un message propose de charger une version antérieure de Rstudio mais son installation est impossible du fait de problèmes de dépendance.
un autre message fait état de problème similaire sur MacOS
un autre message fait rechercher R
philippe@HP-elitebook:~$ which R
/usr/bin/R
philippe@HP-elitebook:~$et demande d'envoyer la commande suivante
philippe@HP-elitebook:~$ export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/bin/Rmais cela ne change rien.
Je dois avouer ne plus savoir comment avancer, une aide serait la bienvenue
Bonne fin de journée
Dernière modification par phleconte (Le 06/02/2024, à 13:19)
HP x360 1040 G8 / station d'accueil
KDE neon 6.0.4 kernel 6.5
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#2 Le 23/01/2024, à 17:59
- xubu1957
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Bonjour,
Fournis les retours de :
sudo apt updateet d'éventuels paquets cassés :
dpkg -l | grep -v ^iien te servant du Retour utilisable de commande.
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
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#3 Le 23/01/2024, à 18:04
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Bonsoir,
merci pour ton message
voici les réponses :
philippe@HP-elitebook:~$ sudo apt update
[sudo] password for philippe:
Réception de :1 file:/var/lib/preinstalled-pool jammy InRelease
Ign :1 file:/var/lib/preinstalled-pool jammy InRelease
Réception de :2 file:/var/lib/preinstalled-pool jammy Release [3949 B]
Réception de :2 file:/var/lib/preinstalled-pool jammy Release [3949 B]
Atteint :3 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy InRelease
Réception de :4 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates InRelease [119 kB]
Réception de :6 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/main amd64 Packages [1282 kB]
Réception de :7 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/main i386 Packages [552 kB]
Réception de :8 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/restricted i386 Packages [33,6 kB]
Réception de :9 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/restricted amd64 Packages [1280 kB]
Réception de :10 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/universe amd64 Packages [1032 kB]
Réception de :11 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/universe i386 Packages [681 kB]
Réception de :12 http://archive.ubuntu.com/ubuntu jammy-updates/multiverse amd64 Packages [42,1 kB]
Réception de :13 http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security InRelease [110 kB]
Atteint :14 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/ InRelease
Réception de :15 http://archive.neon.kde.org/user jammy InRelease [189 kB]
Atteint :16 https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu jammy InRelease
Atteint :17 https://dl.google.com/linux/chrome/deb stable InRelease
Atteint :18 https://deb.opera.com/opera-stable stable InRelease
Atteint :19 https://ppa.launchpadcontent.net/cappelikan/ppa/ubuntu jammy InRelease
Atteint :20 https://ppa.launchpadcontent.net/libreoffice/ppa/ubuntu jammy InRelease
Atteint :21 https://ppa.launchpadcontent.net/mozillateam/ppa/ubuntu jammy InRelease
Atteint :22 https://ppa.launchpadcontent.net/slimbook/slimbook/ubuntu jammy InRelease
Atteint :23 https://ppa.launchpadcontent.net/stefanlobbenmeier/hypnotix/ubuntu jammy InRelease
Atteint :24 https://www.synaptics.com/sites/default/files/Ubuntu stable InRelease
Réception de :25 http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security/main amd64 Packages [1067 kB]
Réception de :26 http://security.ubuntu.com/ubuntu jammy-security/main i386 Packages [386 kB]
Réception de :27 http://download.opensuse.org/repositories/home:/stevenpusser:/palemoon-GTK3/xUbuntu_22.10 InRelease [1620 B]
Err :27 http://download.opensuse.org/repositories/home:/stevenpusser:/palemoon-GTK3/xUbuntu_22.10 InRelease
Les signatures suivantes n'ont pas pu être vérifiées car la clé publique n'est pas disponible : NO_PUBKEY 0FAD31CA8719FCE4
Lecture des listes de paquets... Fait
W: file:/var/lib/preinstalled-pool/dists/jammy/Release.gpg: Key is stored in legacy trusted.gpg keyring (/etc/apt/trusted.gpg), see the DEPRECATION section in apt-key(8) for details.
W: La cible Packages (Packages) est spécifiée plusieurs fois dans /etc/apt/sources.list:4 et /etc/apt/sources.list.d/archive_uri-https_cloud_r-project_org_bin_linux_ubuntu-jammy.list:1
W: Erreur de GPG : http://download.opensuse.org/repositories/home:/stevenpusser:/palemoon-GTK3/xUbuntu_22.10 InRelease : Les signatures suivantes n'ont pas pu être vérifiées car la clé publique n'est pas disponible : NO_PUBKEY 0FAD31CA8719FCE4
E: Le dépôt http://download.opensuse.org/repositories/home:/stevenpusser:/palemoon-GTK3/xUbuntu_22.10 InRelease n'est pas signé.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.
W: La cible Packages (Packages) est spécifiée plusieurs fois dans /etc/apt/sources.list:4 et /etc/apt/sources.list.d/archive_uri-https_cloud_r-project_org_bin_linux_ubuntu-jammy.list:1
philippe@HP-elitebook:~et
hilippe@HP-elitebook:~$ dpkg -l | grep -v ^ii
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-===========================================================-=====================================================================-============-=============================================================================================================================================
rc firebird3.0-common 3.0.8.33535.ds4-1ubuntu2 all common files for firebird 3.0 server, client and utilities
rc libreoffice-base 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- database
rc libreoffice-calc 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- spreadsheet
rc libreoffice-dev 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- SDK -- architecture-dependent parts
rc libreoffice-draw 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- drawing
rc libreoffice-gtk3 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- GTK+ 3 integration
rc libreoffice-impress 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- presentation
rc libreoffice-kf5 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- KDE Frameworks 5 integration
rc libreoffice-math 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- equation editor
rc libreoffice-qt5 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- Qt 5 integration
rc libreoffice-sdbc-firebird 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 Firebird SDBC driver for LibreOffice
rc libreoffice-sdbc-hsqldb 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 HSQLDB SDBC driver for LibreOffice
rc libreoffice-writer 4:7.6.2~rc1-0ubuntu0.22.04.1~lo1 amd64 office productivity suite -- word processor
rc linux-image-5.15.0-87-generic 5.15.0-87.97 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-image-5.15.0-88-generic 5.15.0-88.98 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-image-5.15.0-89-generic 5.15.0-89.99 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-image-6.1.0-1017-oem 6.1.0-1017.17 amd64 Signed kernel image oem
rc linux-image-6.2.0-35-generic 6.2.0-35.35~22.04.1 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-image-6.2.0-36-generic 6.2.0-36.37~22.04.1 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-image-6.2.0-37-generic 6.2.0-37.38~22.04.1 amd64 Signed kernel image generic
rc linux-modules-5.15.0-87-generic 5.15.0-87.97 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-5.15.0-88-generic 5.15.0-88.98 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-5.15.0-89-generic 5.15.0-89.99 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-6.1.0-1017-oem 6.1.0-1017.17 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.1.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-6.2.0-35-generic 6.2.0-35.35~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-6.2.0-36-generic 6.2.0-36.37~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-6.2.0-37-generic 6.2.0-37.38~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-5.15.0-87-generic 5.15.0-87.97 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-5.15.0-88-generic 5.15.0-88.98 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-5.15.0-89-generic 5.15.0-89.99 amd64 Linux kernel extra modules for version 5.15.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-6.2.0-35-generic 6.2.0-35.35~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-6.2.0-36-generic 6.2.0-36.37~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
rc linux-modules-extra-6.2.0-37-generic 6.2.0-37.38~22.04.1 amd64 Linux kernel extra modules for version 6.2.0 on 64 bit x86 SMP
philippe@HP-elitebook:~$ HP x360 1040 G8 / station d'accueil
KDE neon 6.0.4 kernel 6.5
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#4 Le 23/01/2024, à 18:15
- xubu1957
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
W: La cible Packages (Packages) est spécifiée plusieurs fois dans /etc/apt/sources.list:4 et /etc/apt/sources.list.d/archive_uri-https_cloud_r-project_org_bin_linux_ubuntu-jammy.list:1Montre le sources.list avec la numérotation :
find /etc/apt -type f -regex ".*\(list\|sources\).*" -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n" ; [ "${1##*.}" = "list" -o "${1##*.}" = "sources" ] && cat -n "$1"' _ '{}' \;Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
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#5 Le 23/01/2024, à 18:20
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
et voila :
philippe@HP-elitebook:~$ find /etc/apt -type f -regex ".*\(list\|sources\).*" -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n" ; [ "${1##*.}" = "list" -o "${1##*.}" = "sources" ] && cat -n "$1"' _ '{}' \;
/etc/apt/sources.list
1 deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy main restricted universe multiverse
2 deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-security main restricted universe multiverse
3 deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ jammy-updates main restricted universe multiverse
4 deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/
5
6
7
/etc/apt/sources.list.d/spotify.list
1 # deb http://repository.spotify.com/ stable non-free
2
3
4
5
/etc/apt/sources.list.d/archive_uri-https_cloud_r-project_org_bin_linux_ubuntu-jammy.list
1 deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ jammy-cran40/
2 # deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ jammy-cran40/
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/slimbook-ubuntu-slimbook-jammy.list
1 deb https://ppa.launchpadcontent.net/slimbook/slimbook/ubuntu/ jammy main
2 # deb-src https://ppa.launchpadcontent.net/slimbook/slimbook/ubuntu/ jammy main
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/stefanlobbenmeier-ubuntu-hypnotix-jammy.list
1 deb https://ppa.launchpadcontent.net/stefanlobbenmeier/hypnotix/ubuntu/ jammy main
2 # deb-src https://ppa.launchpadcontent.net/stefanlobbenmeier/hypnotix/ubuntu/ jammy main
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/google-chrome.list
1 ### THIS FILE IS AUTOMATICALLY CONFIGURED ###
2 # You may comment out this entry, but any other modifications may be lost.
3 deb [arch=amd64] https://dl.google.com/linux/chrome/deb/ stable main
/etc/apt/sources.list.d/org.kde.neon.net.launchpad.ppa.mozillateam.list
1 deb https://ppa.launchpadcontent.net/mozillateam/ppa/ubuntu/ jammy main
2 # deb-src https://ppa.launchpadcontent.net/mozillateam/ppa/ubuntu/ jammy main
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/opera-stable.list
1 # This file makes sure that Opera Browser is kept up-to-date
2 # as part of regular system upgrades
3
4 deb https://deb.opera.com/opera-stable/ stable non-free #Opera Browser (final releases)
/etc/apt/sources.list.d/neon.list
1 deb http://archive.neon.kde.org/user/ jammy main
2 deb-src http://archive.neon.kde.org/user/ jammy main
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/winehq-jammy.sources
1 Types: deb
2 URIs: https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu
3 Suites: jammy
4 Components: main
5 Architectures: amd64 i386
6 Signed-By: /etc/apt/keyrings/winehq-archive.key
/etc/apt/sources.list.d/preinstalled-pool.list
1 # This is a sources.list entry for a small pool of packages
2 # provided on your preinstalled filesystem for your convenience.
3
4 # It is perfectly safe to delete both this entry and the directory
5 # it references, should you want to save disk space and fetch the
6 # packages remotely instead.
7
8 deb [arch=amd64] file:/var/lib/preinstalled-pool/ jammy main restricted universe multiverse
9
10
11
12
13
/etc/apt/sources.list.d/synaptics.list
1 deb [signed-by=/usr/share/keyrings/synaptics-repository-keyring.gpg] https://www.synaptics.com/sites/default/files/Ubuntu/ stable main
2 deb [signed-by=/usr/share/keyrings/synaptics-repository-keyring.gpg] https://www.synaptics.com/sites/default/files/Ubuntu/ stable non-free
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/home:stevenpusser:palemoon-GTK3.list
1 deb http://download.opensuse.org/repositories/home:/stevenpusser:/palemoon-GTK3/xUbuntu_22.10/ /
/etc/apt/sources.list.d/libreoffice-ubuntu-ppa-jammy.list
1 deb https://ppa.launchpadcontent.net/libreoffice/ppa/ubuntu/ jammy main
2 # deb-src https://ppa.launchpadcontent.net/libreoffice/ppa/ubuntu/ jammy main
3
4
5
6
/etc/apt/sources.list.d/cappelikan-ubuntu-ppa-jammy.list
1 deb https://ppa.launchpadcontent.net/cappelikan/ppa/ubuntu/ jammy main
2 # deb-src https://ppa.launchpadcontent.net/cappelikan/ppa/ubuntu/ jammy main
3
4
5
6
philippe@HP-elitebook:~$ HP x360 1040 G8 / station d'accueil
KDE neon 6.0.4 kernel 6.5
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#6 Le 23/01/2024, à 18:22
- xubu1957
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Je laisse la main aux experts.
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#7 Le 23/01/2024, à 18:26
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Merci Xubu d'avoir tenté une réponse
en lançant Rstudio en console, voici le résultat :
PS : en lançant RStudio en console, j'obtiens le message suivant
philippe@HP-elitebook:~$ rstudio
Gtk-Message: 16:58:24.595: Failed to load module "xapp-gtk3-module"
[570372:0123/165824.682650:ERROR:gl_factory.cc(120)] Requested GL implementation (gl=none,angle=none) not found in allowed implementations: [(gl=egl-angle,angle=default),(gl=egl-gles2,angle=none)].
[570372:0123/165824.684188:ERROR:viz_main_impl.cc(186)] Exiting GPU process due to errors during initialization
[570404:0123/165824.939997:ERROR:gl_factory.cc(120)] Requested GL implementation (gl=none,angle=none) not found in allowed implementations: [(gl=egl-angle,angle=default),(gl=egl-gles2,angle=none)].
[570404:0123/165824.941941:ERROR:viz_main_impl.cc(186)] Exiting GPU process due to errors during initialization
philippe@HP-elitebook:~$ !HP x360 1040 G8 / station d'accueil
KDE neon 6.0.4 kernel 6.5
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#8 Le 23/01/2024, à 18:40
- xubu1957
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Tu n'es pas seul > github.com/rstudio/rstudio/issues/13959
Conseils pour les nouveaux demandeurs et pas qu'eux
Important : Pensez à passer vos sujets en [Résolu] lorsque ceux-ci le sont, au début du titre en cliquant sur Modifier sous le premier message, et un bref récapitulatif de la solution à la fin de celui-ci. Merci. Membre de Linux-Azur
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#9 Le 23/01/2024, à 19:06
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
tu as raison, merci pour le lien.
Je vois une différence et j'ai une question :
- la différence est que je ne parviens pas à lancer R en console (philippe@HP-elitebook:~$ r) il ne se passe rien mais R semble présent
philippe@HP-elitebook:~$ which R
/usr/bin/R
philippe@HP-elitebook:~$et là franchement, je ne comprends pas
- la question: comment faire pour "setting R on the PATH was sufficient to solve it. R was installed, just not on the PATH."
Dernière modification par phleconte (Le 23/01/2024, à 19:06)
HP x360 1040 G8 / station d'accueil
KDE neon 6.0.4 kernel 6.5
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#10 Le 23/01/2024, à 19:09
- xubu1957
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
C'est pas moi qui pourrait te répondre. ¯∖_(ツ)_/¯
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#11 Le 23/01/2024, à 19:14
- ylag
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Bonjour,
En se fiant au message #9, il faudrait faire R en lettre majuscule pour le lancer à partir du terminal ... ?
A+
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#12 Le 23/01/2024, à 19:15
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Merci pour ton retour, je l'avais tenté mais n'avais pas pensé à le signaler
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#13 Le 06/02/2024, à 13:26
- phleconte
Re : [résolu] Rstudio ne retrouve plus R
Bonjour,
le problème a été réglé grâce à un copain geek à qui j'avais confié le problème. En recherchant sur internet, il est tombé sur un fil mentionnant un problème entre Citrix et R. N'ayant plus besoin de Citrix, je l'ai désinstallé et le problème a été résolu.
Merci à lui et bonne journée
HP x360 1040 G8 / station d'accueil
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