Paquets défectueux sont en mode « garder en l'état

klark85 · Le 17/10/2021, à 23:53

Bonjour,

J'obtiens les messages suivant après lancer ma commande

sudo apt update && sudo apt upgrade

E: Le dépôt http://ppa.launchpad.net/hplip-isv/ppa/ubuntu focal Release n'a pas de fichier Release.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.
E: Le dépôt http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntu focal Release n'a pas de fichier Release.
N: Les mises à jour depuis un tel dépôt ne peuvent s'effectuer de manière sécurisée, et sont donc désactivées par défaut.
N: Voir les pages de manuel d'apt-secure(8) pour la création des dépôts et les détails de configuration d'un utilisateur.

Aussi j'arrive pas à installer le package pid avec r-studio. Je pense que c'est du au fait que le Le dépôt http://ppa.launchpad.net/marutter/c2d4u/ubuntu focal Release est défectueux.

Comment résoudre ce problème ?

nany · Le 18/10/2021, à 00:02

Bonjour,

Tu peux déjà désinstaller les deux ppa qui sont obsolètes :

sudo add-apt-repository -r ppa:hplip-isv/ppa

sudo add-apt-repository -r ppa:marutter/c2d4u

Ensuite, donne le retour de :

find /etc/apt -type f -name '*.list*' -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n"; [[ $1 = *".list" ]] && cat -n "$1"' _ '{}' \;

klark85 · Le 18/10/2021, à 00:17

OK. Merci Nany.
Voici ce que j'obtiens :

find /etc/apt -type f -name '*.list*' -exec bash -c 'echo -e "\n\t$1\n"; [[ $1 = *".list" ]] && cat -n "$1"' _ '{}' \;

	/etc/apt/sources.list.d/marutter-ubuntu-c2d4u-focal.list


	/etc/apt/sources.list.d/hplip-isv-ubuntu-ppa-focal.list


	/etc/apt/sources.list.d/rock-core-ubuntu-qt4-focal.list

     1	deb http://ppa.launchpad.net/rock-core/qt4/ubuntu focal main
     2	# deb-src http://ppa.launchpad.net/rock-core/qt4/ubuntu focal main

	/etc/apt/sources.list.d/marutter-ubuntu-c2d4u-focal.list.save


	/etc/apt/sources.list.d/anydesk-stable.list

     1	deb http://deb.anydesk.com/ all main

	/etc/apt/sources.list.d/hplip-isv-ubuntu-ppa-focal.list.save


	/etc/apt/sources.list.d/anydesk-stable.list.save


	/etc/apt/sources.list.d/rock-core-ubuntu-qt4-focal.list.save


	/etc/apt/sources.list

     1	# deb cdrom:[Ubuntu 20.04.2.0 LTS _Focal Fossa_ - Release amd64 (20210209.1)]/ focal main restricted
     2	
     3	# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
     4	# newer versions of the distribution.
     5	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
     6	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
     7	
     8	## Major bug fix updates produced after the final release of the
     9	## distribution.
    10	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
    11	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
    12	
    13	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
    14	## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
    15	## review or updates from the Ubuntu security team.
    16	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
    17	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
    18	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
    19	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
    20	
    21	## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
    22	## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
    23	## your rights to use the software. Also, please note that software in 
    24	## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
    25	## security team.
    26	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
    27	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
    28	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
    29	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
    30	
    31	## N.B. software from this repository may not have been tested as
    32	## extensively as that contained in the main release, although it includes
    33	## newer versions of some applications which may provide useful features.
    34	## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
    35	## or updates from the Ubuntu security team.
    36	deb http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
    37	# deb-src http://tn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
    38	
    39	## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
    40	## 'partner' repository.
    41	## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
    42	## respective vendors as a service to Ubuntu users.
    43	# deb http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
    44	# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
    45	
    46	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
    47	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
    48	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
    49	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
    50	deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
    51	# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
    52	
    53	# This system was installed using small removable media
    54	# (e.g. netinst, live or single CD). The matching "deb cdrom"
    55	# entries were disabled at the end of the installation process.
    56	# For information about how to configure apt package sources,
    57	# see the sources.list(5) manual.
    58	deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/
    59	# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

	/etc/apt/sources.list.save

nany · Le 18/10/2021, à 00:35

Bien, tu as donc la version 4.0 de R installée.

Selon la rubrique « Get 5000+ CRAN Packages » de https://mirror.ibcp.fr/pub/CRAN/bin/linux/ubuntu/, tu peux ajouter ce ppa.
Le hic, c’est que je n’y vois pas de paquet pid. En fait il semble qu’il soit dans le dépôt de cran.

klark85 · Le 18/10/2021, à 01:14

Merci Nany.
J'ai essayé d'ajouter le package pid avec r-studio. J'obtiens :

> install.packages("pid")
Installation du package dans ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
installation des dépendances ‘gmp’, ‘partitions’, ‘FrF2’, ‘DoE.base’, ‘FrF2.catlg128’

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/gmp_0.6-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 161933 bytes (158 KB)
==================================================
downloaded 158 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/partitions_1.10-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 654944 bytes (639 KB)
==================================================
downloaded 639 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/FrF2_2.2-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 329742 bytes (322 KB)
==================================================
downloaded 322 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/DoE.base_1.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 768630 bytes (750 KB)
==================================================
downloaded 750 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/FrF2.catlg128_1.2-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4369913 bytes (4.2 MB)
==================================================
downloaded 4.2 MB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/pid_0.50.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1637197 bytes (1.6 MB)
==================================================
downloaded 1.6 MB

* installing *source* package ‘gmp’ ...
** package ‘gmp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ -std=gnu++14 accepts -g... yes
checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... no
configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org
ERROR: configuration failed for package ‘gmp’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/gmp’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘gmp’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘gmp’ is not available for package ‘partitions’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/partitions’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘partitions’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘partitions’ is not available for package ‘DoE.base’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/DoE.base’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘DoE.base’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘DoE.base’ is not available for package ‘FrF2’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/FrF2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘FrF2’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘FrF2’ is not available for package ‘FrF2.catlg128’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/FrF2.catlg128’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘FrF2.catlg128’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘FrF2’, ‘DoE.base’, ‘FrF2.catlg128’ are not available for package ‘pid’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/pid’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘pid’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/Rtmp5AUx7n/downloaded_packages’

nany · Le 18/10/2021, à 01:55

Mmmmh… Il semble qu’il faille d’abord installer libgmp-dev :

sudo apt install libgmp-dev

Puis retente l’installation de pid dans r-studio.

klark85 · Le 18/10/2021, à 02:25

Ok. J'obtiens encore ceci:

install.packages("pid")
Installation du package dans ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
installation des dépendances ‘gmp’, ‘partitions’, ‘FrF2’, ‘DoE.base’, ‘FrF2.catlg128’

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/gmp_0.6-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 161933 bytes (158 KB)
==================================================
downloaded 158 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/partitions_1.10-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 654944 bytes (639 KB)
==================================================
downloaded 639 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/FrF2_2.2-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 329742 bytes (322 KB)
==================================================
downloaded 322 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/DoE.base_1.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 768630 bytes (750 KB)
==================================================
downloaded 750 KB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/FrF2.catlg128_1.2-1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4369913 bytes (4.2 MB)
==================================================
downloaded 4.2 MB

essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/pid_0.50.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1637197 bytes (1.6 MB)
==================================================
downloaded 1.6 MB

* installing *source* package ‘gmp’ ...
** package ‘gmp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ -std=gnu++14 accepts -g... yes
checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c apply.cc -o apply.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c biginteger.cc -o biginteger.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigintegerR.cc -o bigintegerR.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigmod.cc -o bigmod.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigrational.cc -o bigrational.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigrationalR.cc -o bigrationalR.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigvec.cc -o bigvec.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigvec_q.cc -o bigvec_q.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c extract_matrix.cc -o extract_matrix.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c factor.cc -o factor.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c factorize.cc -o factorize.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c init.cc -o init.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c matrix.cc -o matrix.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c matrixq.cc -o matrixq.o
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include/      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c solve.cc -o solve.o
g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o gmp.so apply.o biginteger.o bigintegerR.o bigmod.o bigrational.o bigrationalR.o bigvec.o bigvec_q.o extract_matrix.o factor.o factorize.o init.o matrix.o matrixq.o solve.o -L/usr/local/lib/ -lgmp -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/00LOCK-gmp/00new/gmp/libs
** R
** data
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Creating a generic function for ‘which.max’ from package ‘base’ in package ‘gmp’
Creating a generic function for ‘which.min’ from package ‘base’ in package ‘gmp’
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (gmp)
* installing *source* package ‘partitions’ ...
** package ‘partitions’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
g++ -std=gnu++14 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c app.cpp -o app.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c partitions.c -o partitions.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c partitions_init.c -o partitions_init.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-QwogzP/r-base-4.1.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c permutations.c -o permutations.o
g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o partitions.so app.o partitions.o partitions_init.o permutations.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/00LOCK-partitions/00new/partitions/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur : le package ‘mathjaxr’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘partitions’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/partitions’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘partitions’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘partitions’ is not available for package ‘DoE.base’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/DoE.base’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘DoE.base’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘DoE.base’ is not available for package ‘FrF2’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/FrF2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘FrF2’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘FrF2’ is not available for package ‘FrF2.catlg128’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/FrF2.catlg128’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘FrF2.catlg128’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘FrF2’, ‘DoE.base’, ‘FrF2.catlg128’ are not available for package ‘pid’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/pid’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘pid’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpHpA7lP/downloaded_packages’

nany · Le 18/10/2021, à 03:11

klark85 a écrit :

Erreur : le package ‘mathjaxr’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait

Alors tu as au moins le paquet mathjaxr qui est dans une ancienne version.

J’ai trouvé ceci que j’ai un peu de mal à suivre car je n’utilise pas R moi-même mais la meilleure réponse semble résoudre le problème.
J’espère que tu comprendras mieux que moi et sauras faire la manip correctement.

klark85 · Le 18/10/2021, à 07:20

Merci Nany. J'arrive pas à modifier quoi que ce soit avec r-studio. Apparemment, c'est un problème du fichier lib ou un truc du genre

(car ‘lib’ n'est pas spécifié)

remove.packages("ggplot2")
Elimination du package de ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
Error in remove.packages : aucun package nommé ‘ggplot2’ n'est trouvé

Dernière modification par klark85 (Le 18/10/2021, à 07:27)

nany · Le 18/10/2021, à 07:51

Quel est le retour de

.libPaths()

?

klark85 · Le 18/10/2021, à 08:12

.libPaths()
[1] "/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                  
[3] "/usr/lib/R/site-library"                        
[4] "/usr/lib/R/library"

nany · Le 18/10/2021, à 08:28

Mmmh…

Quitte r-studio et donne le retour de :

ls -l ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library

klark85 · Le 18/10/2021, à 11:47

drwxrwxr-x 41 user user 4096 october 17 21:31 3.6
drwxrwxr-x  3 user user 4096 october 18 10:44 4.1

nany · Le 18/10/2021, à 12:03

Je ne comprends pas pourquoi 3.6 n’apparaît pas dans .libPaths().

Qu’as-tu passé comme commandes avant ton messages #9 et quels éventuels messages d’erreurs as-tu eu ?

klark85 · Le 18/10/2021, à 12:30

Je pense que j'ai rien passé comme commande. Dès l'installation de r-studio je n'arrive pas à installer les packages.

xubu1957 · Le 18/10/2021, à 12:44

Bonjour,

@nany

Rien d'utile dans > askubuntu.com/questions/1351818/cannot-install-any-r-packages-after-installing-ubuntu-20-04 ?

nany · Le 18/10/2021, à 12:48

Bien, passe cette commande :

.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6")

Puis redonne le retour de :

.libPaths()

nany · Le 18/10/2021, à 12:58

Merci xubu1957 pour le lien. Je vais creuser la question mais ce n’est pas évident sans connaître R.

klark85 · Le 18/10/2021, à 13:14

Merci à vous pour vos aides.

.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6")
> .libPaths()
[1] "/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                  
[3] "/usr/lib/R/site-library"                        
[4] "/usr/lib/R/library"



install.packages("ggplot2")
Installation du package dans ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/ggplot2_3.3.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3063309 bytes (2.9 MB)
==================================================
downloaded 2.9 MB

* installing *source* package ‘ggplot2’ ...
** package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur : le package ‘gtable’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘ggplot2’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ggplot2’
* restoring previous ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ggplot2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpN1HUFD/downloaded_packages’

xubu1957 · Le 18/10/2021, à 13:35

Je trouve dans > biostars.org/p/156350 problem with installation of package ggplot2 :

sudo apt-get install r-cran-ggplot2

klark85 · Le 18/10/2021, à 13:50

Merci xubu1957. J'obtiens toujours la même erreur même après l'installation de r-cran-ggplot2.

install.packages("ggplot2")
Installation du package dans ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
essai de l'URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/ggplot2_3.3.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3063309 bytes (2.9 MB)
==================================================
downloaded 2.9 MB

* installing *source* package ‘ggplot2’ ...
** package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Erreur : le package ‘gtable’ a été installé avant R 4.0.0 : veuillez le réinstaller, s'il-vous-plait
Exécution arrêtée
ERROR: lazy loading failed for package ‘ggplot2’
* removing ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ggplot2’
* restoring previous ‘/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/ggplot2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘ggplot2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpN1HUFD/downloaded_packages’

nany · Le 18/10/2021, à 13:53

xubu1957 a écrit :

Je trouve dans > biostars.org/p/156350 problem with installation of package ggplot2 :
…

Oui mais là c’est une solution de facilité. En fait on cherche à pouvoir installer des paquets depuis r-studio.

Bon, je dois m’absenter, je verrai tout ça ce soir.

klark85 · Le 18/10/2021, à 13:56

Peut-être il faut que cherche la version que la console R utilise en utilisant la commande suivante :

export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R

Je sais pas.. je l'ai trouvé sur ce site : https://support.rstudio.com/hc/en-us/ar … esktop-IDE

Je ne veux pas l'exécuter sans être sur pour éviter des nouveaux problèmes.

Dernière modification par klark85 (Le 18/10/2021, à 13:57)

xubu1957 · Le 18/10/2021, à 13:57

Tu as aussi ce fil ? > community.rstudio.com/t/as-lib-is-unspecified/118234

klark85 · Le 19/10/2021, à 01:55

La commande

export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R

n'a pas marché.
J'ai essayé la réponse sur le site r-studio .. sans succès

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