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#1 Le 08/01/2019, à 10:27

NicoShaded

Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Bonjour à tous,  smile

ce matin je suis un peu perdu face à une erreur.
A l’allumage du système Ubuntu, un logiciel (RStudio) a refusé de se lancer. J’ai donc tenté une mise à jour des paquets (apt-get dist-upgrade). Or, j’obtiens le message d’erreur suivant :

Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 shared-mime-info
 nautilus
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

J'ai ensuite tenté un dpkg --configure -a, qui me renvoit grosso modo la même chose :

dpkg: erreur de traitement du paquet nautilus (--configure) :
 problèmes de dépendances - laissé non configuré
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 shared-mime-info
 nautilus

Le paquet "shared-mime-info" semble être directement lié à "libxml2" (non ?).
Et lors du lancement de RStudio, la commande me renvoie une erreur liée à la localisation de "libxml2". En particulier, un locate montre que plusieurs versions du paquet cohabitent sur ma machine.

Aussi, si je lance RStudio en ligne de commande, j'obtiens le message suivant :

rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/rstudio/bin/libQt5WebKit.so.5)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/rstudio/bin/libQt5WebKit.so.5)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/rstudio/bin/libQt5WebKit.so.5)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1)
rstudio: relocation error: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1: symbol xmlBufContent version LIBXML2_2.9.0 not defined in file libxml2.so.2 with link time reference

Je suis complètement paumé : les deux problèmes (paquets + RStudio) semblent liés, mais je ne vois pas comment faire pour m'en sortir.
Auriez-vous une idée s'il vous plaît ?

Merci beaucoup pour toute aide.
Bien cordialement.

Dernière modification par NicoShaded (Le 08/01/2019, à 10:34)

Hors ligne

#2 Le 08/01/2019, à 10:41

NicoShaded

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Une dernière chose (désolé pour la masse d'infos).
Je vois sur ce fil (https://askubuntu.com/questions/610569/ … shell-exec) qu'une part du problème pourrait être liée à la présence de plusieurs versions de "libxml2.so".
Or un "locate libxml2.so" renvoie :

root@nicolas-desktop:/home/nicolas# locate libxml2.so
/home/nicolas/Téléchargements/libxml2/libxml2-2.7.2/.libs/libxml2.so
/home/nicolas/Téléchargements/libxml2/libxml2-2.7.2/.libs/libxml2.so.2
/home/nicolas/Téléchargements/libxml2/libxml2-2.7.2/.libs/libxml2.so.2.7.2
/snap/gnome-3-26-1604/59/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/gnome-3-26-1604/59/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4
/snap/gnome-3-26-1604/70/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/gnome-3-26-1604/70/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4
/snap/gnome-3-26-1604/74/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/gnome-3-26-1604/74/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4
/snap/notepadqq/841/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/notepadqq/841/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.3
/snap/notepadqq/855/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/notepadqq/855/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.3
/snap/spotify/24/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/spotify/24/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.3
/snap/spotify/26/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/spotify/26/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.3
/snap/spotify/28/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/snap/spotify/28/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.3
/usr/lib/i386-linux-gnu/libxml2.so.2
/usr/lib/i386-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4
/usr/local/lib/libxml2.so
/usr/local/lib/libxml2.so.2
/usr/local/lib/libxml2.so.2.7.2
/var/lib/docker/overlay2/c3bfd2a43130172dc2fae565aaac01ff6c0cc65216416117dc3667c8790140e5/diff/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2
/var/lib/docker/overlay2/c3bfd2a43130172dc2fae565aaac01ff6c0cc65216416117dc3667c8790140e5/diff/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxml2.so.2.9.4

Il y a donc bien plusieurs versions : mais quoi retirer ?!
Franchement, je suis archi-paumé.

Merci beaucoup pour toute aide.

Hors ligne

#3 Le 08/01/2019, à 10:52

nam1962

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Donne nous :

cat /etc/apt/sources.list
ls /etc/apt/sources.list.d -1
echo $XDG_CURRENT_DESKTOP
ls -l /usr/share/xsessions

[ Modéré ]

Hors ligne

#4 Le 08/01/2019, à 11:00

NicoShaded

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Merci beaucoup !!!

Pour "cat /etc/apt/sources.list"

root@nicolas-desktop:/home/nicolas# cat /etc/apt/sources.list
# deb cdrom:[Ubuntu 18.04 LTS _Bionic Beaver_ - Release amd64 (20180426)]/ bionic main restricted

# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic main restricted

## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic universe
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates universe

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
## your rights to use the software. Also, please note that software in 
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic multiverse
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-updates multiverse

## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
                                                                                                                                                                                  
## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's                                                                                                             
## 'partner' repository.                                                                                                                                                          
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic stable
# deb-src [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic stable

Puis "ls /etc/apt/sources.list.d -1"

danielrichter2007-ubuntu-grub-customizer-bionic.list
danielrichter2007-ubuntu-grub-customizer-bionic.list.save
linuxgndu-ubuntu-sqlitebrowser-bionic.list
linuxgndu-ubuntu-sqlitebrowser-bionic.list.save
smathot-ubuntu-cogscinl-bionic.list
smathot-ubuntu-cogscinl-bionic.list.save
unit193-ubuntu-crosswire-bionic.list

"echo $XDG_CURRENT_DESKTOP" = KDE

et enfin :

total 12
-rw-r--r-- 1 root root 2353 oct.   4 09:56 plasma.desktop
-rw-r--r-- 1 root root  323 mai    2  2018 ubuntu-communitheme-snap.desktop
-rw-r--r-- 1 root root  247 mai    2  2018 ubuntu.desktop

Merci pour votre analyse wink

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#5 Le 08/01/2019, à 11:05

nam1962

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Quelques observations (l'idée est de s'assurer que l'install est saine)
Le PPA docker dans le sources.list n'est pas à sa place, il devrait être dans un fichier dans sources.list.d
Connais tu tous tes PPA ? Sont ils bien maintenus?
Et surtout : tu sembles être sous Kubuntu ou KDE Neon, pourquoi voit on ubuntu desktop ?
Serait-ce une Ubuntu à laquelle tu as ajouté KDE ?


[ Modéré ]

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#6 Le 08/01/2019, à 11:08

NicoShaded

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Merci.
Pour les PPA, je les ajoute au fur et à mesure des demandes des logiciels. Je ne saurais dire leur état.
En revanche, oui, j'ai bien ajouté un KDE à Ubuntu.

En remontant l'historique des commandes, je réalise que tout vient d'une tentative d'installation d'une version antérieure de LIBXML2 (libxml2-2.7.2), pour pouvoir installer un package du logiciel R qui disait en avoir besoin. Avant tout fonctionnait parfaitement, y compris l'interface KDE sous Ubuntu.
L'idée serait donc, au moins pour pouvoir faire fonctionner Rsudio, de virer toute trace de cette version, et de réindiquer au logiciel que la bonne version est la libxml2.so.2.9.4...

Mais comment faire s'il vous plaît ?

Dernière modification par NicoShaded (Le 08/01/2019, à 11:09)

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#7 Le 08/01/2019, à 11:19

NicoShaded

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

A priori, c'est tout bon :
- pour Rstudio, qui redémarre après que j'ai déplacé les version 2.7.2 de la bibliothèque problématique.
- et pour "sudo apt-get dist-upgrade", qui me renvoie maintenant :

Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  linux-headers-4.15.0-39 linux-headers-4.15.0-39-generic linux-image-4.15.0-39-generic linux-modules-4.15.0-39-generic linux-modules-extra-4.15.0-39-generic
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour

A priori, c'est OK maintenant.
Désolé du dérangement et merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre.

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#8 Le 08/01/2019, à 11:24

nam1962

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Le mélange de deux environnement crée fatalement des incohérences, chaque environnement embarque ses dépendances et elles ont un maximum de chances de rentrer en conflit à terme. Il se peut très bien que le souci de versions de librairies en soit déjà une expression.

Je ne peux que te conseiller d'avoir d'abord une install stable, donc, si ton choix se porte dur KDE de faire une clean install de Kubuntu ou de KDE Neon --> https://doc.ubuntu-fr.org/reinstallation_ubuntu

Toute autre intervention sur ton système ne fera qu'ajouter des incohérences.

Une réinstall c'est 45 minutes, finalisation comprise (avec le script de GammaDraconis, la finalisation est très rapide)


[ Modéré ]

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#9 Le 08/01/2019, à 11:27

michel_04

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Bonjour,


nam1962 a écrit :

Le mélange de deux environnement crée fatalement des incohérences, chaque environnement embarque ses dépendances et elles ont un maximum de chances de rentrer en conflit à terme. Il se peut très bien que le souci de versions de librairies en soit déjà une expression.

Je ne peux que te conseiller d'avoir d'abord une install stable, donc, si ton choix se porte dur KDE de faire une clean install de Kubuntu ou de KDE Neon --> https://doc.ubuntu-fr.org/reinstallation_ubuntu

+1
Ce que disait abecidofugy il y a peu : À lire si vous voulez installer Plasma/KDE.


A+

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#10 Le 08/01/2019, à 11:27

NicoShaded

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

D'accord, merci du conseil.
Mais cette réinstalle me permettra-t-elle de garder tous mes logiciels et mon environnement svp ?
Parce que sinon, c'est des jours de boulot...

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#11 Le 08/01/2019, à 11:43

nam1962

Re : Problème sur les paquets et impossible de lancer un logiciel (RStudio)

Les réglages oui, certains logiciels devront être réinstallés (facilité avec ceci --> https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2026344 )
Pense à faire une sauvegarde avant.

Et bien sûr, prends une fois pour toute la variante avec ton environnement préféré : https://doc.ubuntu-fr.org/variantes

Dernière modification par nam1962 (Le 08/01/2019, à 11:55)


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