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#1 Le 16/06/2017, à 13:34

pierrot10

openmpi vs hdf5 vs mvapich2

Bonjour,
J'ai un ancien cluster ou on a réinstaller les noeuds.
Chaque neud ont un dossier commun (scratch) monter un NFS.
Les noeuds sont relies avec ifiniband.

Il y a aussi gcc d'installé.
J'ai lu un doc qu'il était bien d'installer mvapich2

Je ne suispas expert en ce qui concerne les cluster et je suis perdu entre mvapich2, openmpi et hdf5.
Il sembkerait que hdf5 pourrait remplacé IntelCompiler

sudo apt install libhdf5-mpi-dev
sudo apt install libhdf5-mpich-10
sudo apt install libhdf5-mpich-dev

Mais alors quelle est la différence entre mpich et mvapich2?
Ensuite, quelle est la différence entre openmpi et mvapich2?

Aussi comment puis-je installé mvapich2

Ca serait super sympa, si un connaisseur pour allumer mes lanternes concernant ces package?

Milles mercis à vous

On

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#2 Le 22/06/2017, à 07:38

J5012

Re : openmpi vs hdf5 vs mvapich2

que raconte synaptic ?

paquet mpich a écrit :

Implementation of the MPI Message Passing Interface standard

MPICH is a high-performance and widely portable implementation of the
Message Passing Interface (MPI) standard (both MPI-1 and MPI-2). It
efficiently supports different computation and communication platforms
including commodity clusters, SMPs, massively parallel systems, and
high-speed networks.

http://www.mpich.org/about/overview/
https://en.wikipedia.org/wiki/MPICH


paquet openmpi-bin a écrit :

high performance message passing library -- binaries

Open MPI is a project combining technologies and resources from several other
projects (FT-MPI, LA-MPI, LAM/MPI, and PACX-MPI) in order to build the best
MPI library available. A completely new MPI-2 compliant implementation, Open
MPI offers advantages for system and software vendors, application developers
and computer science researchers.

Features:
* Full MPI-2 standards conformance
* Thread safety and concurrency
* Dynamic process spawning
* High performance on all platforms
* Reliable and fast job management
* Network and process fault tolerance
* Support network heterogeneity
* Single library supports all networks
* Run-time instrumentation
* Many job schedulers supported
* Internationalized error messages
* Component-based design, documented APIs

https://www.open-mpi.org/
https://en.wikipedia.org/wiki/Open_MPI


paquet hdf5-helpers a écrit :

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - Helper tools

HDF5 est un format de fichier et une bibliothèque pour stocker des données
scientifiques. HDF5 a été conçu et mis en oeuvre pour corriger les
faiblesses de HDF4.x. Il possède un modèle de données plus puissant et
souple, supporte les fichiers de plus de 2 Go et les E/S parallèles.

https://support.hdfgroup.org/HDF5/
https://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_Data_Format

mvapich est une autre implementation de mpi
http://mpi-forum.org/docs/docs.html
ce sont tous des impllementations differentes de mpi ...
sauf hdf5 qui est un format de fichiers

chaque implementation est adapté à un materiel particulier ...

dans les depots ubuntu/debian tu as les implementations mpich et openmpi
lire le contexte de mpi dans les grappes de serveurs : https://fr.wikipedia.org/wiki/Grappe_de_serveurs

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#3 Le 22/06/2017, à 11:56

pierrot10

Re : openmpi vs hdf5 vs mvapich2

Merci beaucoup pour ces ecplications!!!

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